อาร์ชดยุกมาร์กุส เอมมานูเอล ซัลวาตอร์แห่งออสเตรีย ทรงเสกสมรสกับ ฮิลดา โจเมีย เมื่อวันที่ 30 ธันวาคม 2525 พระบุตรทั้งหมดดำรงยศเป็น เคานต์และเคาน์เตสแห่งฮาพส์บวร์ค-ลอแรน มีพระโอรส-ธิดาดังนี้

1. เคานต์วาเลนติน ซัลวาตอร์ มาร์กุสแห่งฮาพส์บวร์ค-ลอแรน
2. เคานต์แม็กซิมิเลียน ซัลวาตอร์แห่งฮาพส์บวร์ค-ลอแรน
3. เคาน์เตสมักดาเลนา มาเรีย โซฟี โรสแมรีแห่งฮาพส์บวร์ค-ลอแรน