อาร์ชดัชเชสจิเซลา ประสูติเมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2399 ณ เมืองแล็กเซนบูร์ก ประเทศออสเตรีย เป็นพระราชธิดาองค์ที่ 2 ในสมเด็จพระจักรพรรดิฟรานซ์ โจเซฟที่ 1 และสมเด็จพระจักรพรรดินีเอลิซาเบธแห่งออสเตรีย เมื่อทรงพระเยาว์ พระองค์แทบจะไม่ได้ประทับอยู่กับพระมารดาเลย เนื่องจากอาร์ชดัชเชสโซฟี ทรงนำพระองค์ไปเลี้ยง โดยทรงไม่ให้พระองค์ได้ทอดพระเนตรเห็นพระมารดาเลย โดยพระองค์ทรงมีความสัมพันธ์สนิทสนมกับพระเชษฐาของพระองค์ มกุฎราชกุมารรูดอล์ฟ และอาร์ชดัชเชสมารี-วาเลอรี พระขนิษฐาอีกด้วย ถึงแม้ว่าทุกพระองค์จะทรงไม่ได้ประทับด้วยกันก็ตาม