มหาวิหารวาเวลประกอบด้วยช่องทางเดินกลางที่ขนาบด้วยช่องทางเดินข้าง, แขนกางเขนที่ขนาบด้วยช่องทางเดิน, บริเวณร้องเพลงสวดที่มีช่องทางเดินสองช่อง, มุขโค้งด้านสกัดที่ล้อมด้วยจรมุข และโบสถ์น้อยที่กระจายออกไป แท่นบูชาเอกที่ตั้งอยู่ภายในมุขด้านตะวันออกสร้างโดยโจวันนี บัตติสตา จิสเลนี ภาพเขียน “การตรึงพระเยซูที่กางเขน” บนแท่นบูชาเอกเขียนในคริสต์ศตวรรษที่ 17[1] เหนือแท่นบูชาเอกเป็นซุ้มสูงที่ทำด้วยหินอ่อนสีดำรองรับด้วยคอลัมน์สี่ต้นที่ออกแบบโดยโจวันนี บัตติสตา เตรวาโน และ มัตเตโอ กัสเตลลีระหว่าง ค.ศ. 1626 ถึง ค.ศ. 1629 ภายใต้ซุ้มเป็นที่ตั้งของโลงศพเงินของนักบุญสตานิสลาฟแห่งเชปานุฟที่สร้างระหว่าง ค.ศ. 1669 ถึง ค.ศ. 1671 หลังจากที่โลงเดิมถูกขโมยไปโดยชาวสวีเดนระหว่างสงคราม ค.ศ. 1655 [2].