กงไกรลาศเดิมเป็นแขวงหนึ่งของเมืองสุโขทัย[1] ปรากฏหลักฐานการตั้งเป็นอำเภอกงไกรลาศเมื่อ พ.ศ. 2437 โดยมีพระกงไกรลาศดำรงตำแหน่งนายอำเภอคนแรก ที่ว่าการอำเภอตั้งอยู่บนเกาะเล็ก ๆ ชื่อ "เกาะกง" ต่อมาใน พ.ศ. 2460 ทางราชการได้เปลี่ยนชื่ออำเภอกงไกรลาศเป็นอำเภอบ้านไกร เนื่องจากเกาะกงมีน้ำท่วมถึงในฤดูน้ำหลาก ไม่สะดวกในการติดต่อราชการของประชาชน ในปีเดียวกันนั้นจึงได้ย้ายที่ว่าการอำเภอไปตั้งบนฝั่งตะวันออกของแม่น้ำยม ห่างจากที่ว่าการอำเภอเดิมประมาณ 15 เส้น

ต่อมาใน พ.ศ. 2482 ทางราชการได้เปลี่ยนชื่ออำเภอบ้านไกรเป็นอำเภอกงไกรลาศดังเดิม เนื่องจากชื่อกงไกรลาศ ปรากฏในประวัติศาสตร์ไทยมายาวนาน และใน พ.ศ. 2505 เอื้อน รงค์ทอง นายอำเภอ ได้พิจารณาเห็นว่าบริเวณที่ว่าการอำเภอเดิมคับแคบขยายไม่ได้ ทั้งยังมีน้ำท่วมถึง ประกอบกับอาคารที่ว่าการอำเภอเริ่มชำรุดทรุดโทรม จึงให้ขออนุญาตย้ายไปสร้างที่แห่งใหม่ กระทรวงมหาดไทยได้อนุญาตให้ย้ายไปสร้างที่แห่งใหม่บริเวณริมถนนสิงหวัฒน์ หลักกิโลเมตรที่ 21 หมู่ที่ 2 ตำบลบ้านกร่าง เนื้อที่ 25 ไร่ ห่างจากที่ว่าการอำเภอเดิม 3 กิโลเมตร เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2505[2] จนถึงปัจจุบัน ส่วนสถานที่เดิมใช้เป็นที่ตั้งสถานีอนามัยตำบลกง

• วันที่ 29 เมษายน 2460 เปลี่ยนแปลงชื่ออำเภอกงไกรลาศ จังหวัดสุโขทัย เป็น อำเภอบ้านไกร[3]
• วันที่ 17 เมษายน 2482 เปลี่ยนแปลงชื่ออำเภอบ้านไกร จังหวัดสุโขทัย เป็น อำเภอกงไกรลาศ[4] ดังเดิม
• วันที่ 10 มิถุนายน 2490 ตั้งตำบลบ้านกร่าง แยกออกจากตำบลกง ตั้งตำบลไกรใน แยกออกจากตำบลไกรกลาง และตำบลป่าแฝก[5]
• วันที่ 3 สิงหาคม 2491 เปลี่ยนแปลงเขตตำบลในท้องที่อำเภอกงไกรลาศ (1,2,3,4,5)[6]
  • (1) โอนพื้นที่หมู่ 6 (ในขณะนั้น) ของตำบลท่าฉนวน ไปตั้งเป็นหมู่ 5 ของตำบลกง
  • (2) โอนพื้นที่หมู่ 3 (ในขณะนั้น) ของตำบลไกรใน ไปตั้งเป็นหมู่ 5 ของตำบลป่าแฝก
  • (3) โอนพื้นที่หมู่ 8 (ในขณะนั้น) ของตำบลป่าแฝก ไปตั้งเป็นหมู่ 4 ของตำบลไกรกลาง
  • (4) โอนพื้นที่หมู่ 4 (ในขณะนั้น) ของตำบลไกรใน ไปตั้งเป็นหมู่ 3 ของตำบลไกรกลาง
  • (5) โอนพื้นที่หมู่ 6 (ในขณะนั้น) ของตำบลไกรกลาง ไปตั้งเป็นหมู่ 5 ของตำบลไกรใน
• วันที่ 3 สิงหาคม 2499 จัดตั้งสุขาภิบาลกงไกรลาศ ในท้องที่บางส่วนของตำบลกง ตำบลบ้านกร่าง และตำบลป่าแฝก[7]
• วันที่ 11 มิถุนายน 2517 ตั้งตำบลหนองตูม แยกออกจากตำบลท่าฉนวน[8]
• วันที่ 14 กรกฎาคม 2521 ยกเลิกประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 354 วันที่ 13 ธันวาคม 2515 และจัดตั้งนิคมสร้างตนเอง ในท้องที่อำเภอกงไกรลาศ จังหวัดสุโขทัย อำเภอบางระกำ จังหวัดพิษณุโลก อำเภอพรานกระต่าย อำเภอเมืองกำแพงเพชร จังหวัดกำแพงเพชร และอำเภอสามง่าม จังหวัดพิจิตร[9]
• วันที่ 6 พฤศจิกายน 2522 ตั้งตำบลบ้านใหม่สุขเกษม แยกออกจากตำบลกกแรต [10]