อำเภอกะทู้สันนิษฐานว่าน่าจะมาจากคำว่า "กราบาตู" แปลว่า อ่าวหิน แล้วหดลงเป็น "กราตู" แล้วเป็น "กราทู" "กระทู" และ"กะทู" ตามลำดับ ในใบบอกเรื่องการปราบอั้งยี่ของหมื่นเสมอใจราช (พระยามนตรีสุริยวงศ์ ชื่น บุนนาค) พ.ศ. 2419 ก็เขียนว่า "กะทู" แต่ต่อมาเปลี่ยนเป็น กะทู้ เพื่อให้มีความหมายในภาษาไทย และคำนี้ก็อาจจะมาจากคำว่า "กราซาตู" แปลว่า อ่าวที่หนึ่ง ก็ได้

บ้างก็ว่าชื่อดังกล่าวมาจากภาษาจีนคำว่า ล่ายทู, ไล่ทู หรือไนทู[1]