โครงการที่จะจัดตั้งอำเภอใหม่ในพื้นที่ดังกล่าวสามารถสืบย้อนไปได้ถึง พ.ศ. 2536 โดยเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2546 สภาตำบลบ้านจันทร์ได้เสนอแยกกิ่งอำเภอออกจากสามตำบลในอำเภอแม่แจ่ม ได้มีการเตรียมการจัดตั้งกิ่งอำเภอใหม่เป็นเวลาหลายปี แต่ด้วยวิกฤตการณ์ทางการเงินในเอเชีย พ.ศ. 2540 ได้ทำให้อำเภอใหม่ทั้งหมดที่อยู่ในระหว่างการพิจารณาถูกรัฐบาลยกเลิกไปเพื่อหลีกเลี่ยงค่าใช้จ่ายเพิ่มเติม[3] ก่อนที่จะกลับเข้าสู่ระเบียบการพิจารณาอีกครั้งในปี พ.ศ. 2548 โดยได้มีการจัดทำข้อเสนอและการศึกษาโดยจังหวัดเชียงใหม่และกรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย

วันที่ 2 ธันวาคม พ.ศ. 2551 คณะรัฐมนตรีไทยเห็นว่าพื้นที่ตำบลบ้านจันทร์ ตำบลแม่แดด และตำบลแจ่มหลวง แห่งอำเภอแม่แจ่ม จังหวัดเชียงใหม่ เป็นพื้นที่การท่องเที่ยว มีเนื้อที่ 674.58 ตารางกิโลเมตร และประชากร 10,561 คน มีการจัดตั้งโครงการพระราชดำริหลายโครงการ มีสภาพภูมิประเทศเป็นป่าและภูเขาสูงชัน ทุรกันดาร การคมนาคมติดต่อเพื่อขอรับบริการต่างๆ จากหน่วยงานของรัฐ ณ ที่ว่าการอำเภอแม่แจ่ม เป็นไปด้วยความยากลำบาก การให้บริการของเจ้าหน้าที่ไม่สามารถให้บริการได้อย่างทั่วถึงครอบคลุมทุกพื้นที่ ประกอบกับพื้นที่ดังกล่าวประสบปัญหาด้านความสงบเรียบร้อย เรื่องยาเสพติด และปัญหาด้านการลักลอบการตัดไม้ทำลายป่า จึงเห็นชอบให้แยกพื้นที่ดังกล่าวมาจัดตั้งเป็นอำเภอใหม่ มีวัตถุประสงค์เพื่อเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ โดยเฉพาะ

อย่างไรก็ดี วันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ. 2552 พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม พระราชทานชื่ออำเภอที่จะจัดตั้งขึ้นใหม่นั้นตามที่กระทรวงมหาดไทยขอพระราชทาน ว่า "อำเภอกัลยาณิวัฒนา" แทนชื่อเดิมที่ใช้ว่า "วัดจันทร์"[4]

เนื่องจากข้อเท็จจริงที่ว่ามีโครงการในพระราชดำริในพื้นที่ตำบลบ้านจันทร์ อำเภอที่จัดตั้งขึ้นใหม่นี้จึงไม่จำเป็นจะต้องจัดตั้งเป็นกิ่งอำเภอก่อนที่จะพัฒนาจนกลายเป็นอำเภอโดยสมบูรณ์ ที่ว่าการอำเภอกำลังอยู่ในระหว่างการก่อสร้างในหมู่ 2 ตำบลแจ่มหลวง จนกระทั่งก่อสร้างเสร็จ สภาตำบลบ้านจันทร์จะถูกใช้เป็นที่ว่าการอำเภอชั่วคราว[5]

ดังนั้น เมื่อวันที่ 13 ตุลาคม พ.ศ. 2552 คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบร่าง "พระราชกฤษฎีกาตั้งอำเภอกัลยาณิวัฒนา จังหวัดเชียงใหม่" ตามที่กระทรวงมหาดไทยเสนอ[6] พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตรลงพระปรมาภิไธยเมื่อวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2552 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 126 ตอนที่ 97 ก หน้า 7 ลงวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2552 และมีผลใช้บังคับในวันรุ่งขึ้น โดยปรากฏเหตุผลในการประกาศใช้พระราชกฤษฎีกาฉบับนี้ว่า

"...โดยที่ตำบลแจ่มหลวง ตำบลบ้านจันทร์ และตำบลแม่แดด อำเภอแม่แจ่ม จังหวัดเชียงใหม่ มีท้องที่กว้างขวาง มีชุมชนและชุมนุมการค้าหนาแน่น มีสภาพเจริญขึ้นกว่าเดิมมาก แต่เนื่องจากมีภูมิประเทศตั้งอยู่ห่างไกล ทำให้ประชาชนไม่ได้รับความสะดวกในการติดต่อราชการ สมควรแยกตำบลดังกล่าวออกจากอำเภอแม่แจ่ม จังหวัดเชียงใหม่ และรวมตั้งเป็น อำเภอกัลยาณิวัฒนา จังหวัดเชียงใหม่ เพื่อประโยชน์แก่การปกครอง การให้บริการของรัฐ ความสะดวกของประชาชน และเพื่อส่งเสริมให้ท้องที่มีความเจริญยิ่งขึ้น ตลอดจนเพื่อเป็นการเทิดพระเกียรติสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ จึงจำเป็นต้องตราพระราชกฤษฎีกานี้"[1]