ในอดีตอำเภอกำแพงแสนเป็น เมืองกำแพงแสน (มีอายุราวพุทธศตวรรษที่ 11-16) ซึ่งเป็นเพียงเมืองเล็ก ๆ สันนิษฐานว่าน่าจะมีฐานะเป็นเมืองบริวารของเมืองนครไชยศรีมากกว่าจะเป็นเมืองที่ตั้งอยู่อย่างอิสระ ตำแหน่งกลางเมืองเก่าอยู่ที่ประมาณเส้นรุ้งที่ 13 องศา 39 ลิปดา 20 พิลิปดาเหนือ และเส้นแวง 99 องศา 57 ลิปดา 57 พิลิปดาตะวันออก เป็นเมืองโบราณสมัยทวารวดีที่มีขนาดเล็กและตั้งอยู่ไม่ไกลจากเมืองนครไชยศรี คือมีระยะห่างกันประมาณ 24 กิโลเมตร ตั้งอยู่กึ่งกลางระหว่างเมืองใหญ่ 2 เมือง คือเมืองอู่ทองและเมืองนครไชยศรี

ปัจจุบันบริเวณเมืองเก่ากำแพงแสนเป็นพื้นที่ของกรมป่าไม้ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ซึ่งใช้เป็นค่ายลูกเสือ ตั้งอยู่ที่หมู่ที่ 5 ตำบลทุ่งขวาง อำเภอกำแพงแสน จังหวัดนครปฐม

อำเภอกำแพงแสนได้ตั้งขึ้นครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2449 ที่วัดห้วยพระ ตำบลห้วยพระ อำเภอดอนตูม โดยใช้ชื่อว่า อำเภอกำแพงแสน ตั้งตามชื่อเมืองโบราณ ต่อมาได้ปี พ.ศ. 2453เมื่อประสพภัยแล้งไม่สะดวกในการสัญจรเพราะในอดีตใช้เรือเป็นหลักจึงได้ย้ายที่ตั้งอำเภอใหม่จากวัดห้วยพระไปที่ชายทุ่งสามแก้ว ห่างจากที่ตั้งเดิมไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือประมาณ 1 กิโลเมตร และได้เปลี่ยนชื่ออำเภอจาก กำแพงแสน มาเป็น "อำเภอนาจอำนวย" หรือชาวบ้านเรียกตามชื่อหมู่บ้านว่า อำเภอสามแก้ว ตั้งอยู่จนถึงปี พ.ศ. 2460 [1]ได้ย้ายที่ว่าการ อำเภอนาถอำนวย จากที่ตั้งชายทุ่งสามแก้ว มาตั้งที่ว่าการอำเภอใหม่ริมคลองท่าสาร-บางปลา บริเวณบ้านยาง ติดถนนมาลัยแมน (ถนนนครปฐม-สุพรรณบุรี) หมู่ที่ 13 ตำบลทุ่งกระพังโหม ห่างจากที่ตั้งเดิมไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือประมาณ 14 กิโลเมตร และส่วนที่ตั้งของ (อำเภอนาถอำนวย) หรือ อำเภอ สามแก้ว

ปัจจุบันนี้เป็นที่ตั้งของ โรงเรียนบ้านสามแก้ว(นาถอำนวยวิทย์)[2] และเมื่อปี พ.ศ. 2532 ได้ย้ายที่ว่าการอำเภอกำแพงแสนไปสร้างที่ว่าการอำเภอหลังใหม่ ณ ที่ดินที่ราษฎรได้บริจาคให้ริมถนนมาลัยแมน ห่างจากที่ตั้งเดิมไปทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ประมาณ 2 กิโลเมตร ตรงข้ามโรงเรียนกำแพงแสนวิทยา ส่วนที่ตั้งเดิมได้ใช้เป็นสำนักงานเทศบาลตำบลกำแพงแสนส่วนนี้ตั้งแต่ พ.ศ. 2499 ถึงปัจจุบัน

• วันที่ 10 มิถุนายน 2490 ตั้งตำบลห้วยด้วน แยกออกจากตำบลห้วยพระ ตั้งตำบลห้วยขวาง แยกออกจากตำบลลำเหย ตั้งตำบลดอนรวก แยกออกจากตำบลดอนพุทรา ตั้งตำบลบ้านหลวง แยกออกจากตำบลดอนพุทรา[3]
• วันที่ 28 ธันวาคม 2499 จัดตั้งสุขาภิบาลกำแพงแสน ในพื้นที่บางส่วนของตำบลทุ่งกระพังโหม (ในขณะนั้น)[4]
• วันที่ 9 กันยายน 2502 โอนพื้นที่ตำบลสระสี่มุม ตำบลกระตีบ และบางส่วนของตำบลดอนข่อย (หมู่ที่ 1-4, 6-10 ในขณะนั้น) จากอำเภอบางเลน มาขึ้นกับอำเภอกำแพงแสน[5]
• วันที่ 16 ธันวาคม 2502 เปลี่ยนแปลงพื้นที่ตำบลดอนข่อย โดยท้องที่หมู่ 5 (ในขณะนั้น) ไปขึ้นกับตำบลหินมูล อำเภอบางเลน[6]
• วันที่ 1 มกราคม 2509 แยกพื้นที่ตำบลสามง่าม ตำบลห้วยพระ ตำบลลำเหย ตำบลดอนพุทรา ตำบลบ้านหลวง ตำบลดอนรวก และตำบลห้วยด้วน อำเภอกำแพงแสน มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอดอนตูม ขึ้นกับอำเภอกำแพงแสน[7]
• วันที่ 1 มกราคม 2510 ตั้งตำบลสระพัฒนา แยกออกจากตำบลสระสี่มุม[8]
• วันที่ 1 กุมภาพันธ์ 2511 ตั้งตำบลทุ่งบัว แยกออกจากตำบลทุ่งขวาง[9]
• วันที่ 1 มีนาคม 2512 ยกฐานะกิ่งอำเภอดอนตูม อำเภอกำแพงแสน เป็น อำเภอดอนตูม[10]
• วันที่ 12 ตุลาคม 2531 ตั้งตำบลห้วยหมอนทอง แยกออกจากตำบลทุ่งขวาง[11]
• วันที่ 14 กันยายน 2532 ตั้งตำบลห้วยม่วง แยกออกจากตำบลกระตีบ[12]
• วันที่ 19 มิถุนายน 2533 ตั้งตำบลกำแพงแสน แยกออกจากตำบลทุ่งกระพังโหม[13]
• วันที่ 1 พฤษภาคม 2534 ตั้งตำบลรางพิกุล แยกออกจากตำบลทุ่งบัว[14]
• วันที่ 16 พฤศจิกายน 2535 ตั้งตำบลหนองกระทุ่ม แยกออกจากตำบลทุ่งลูกนก[15]
• วันที่ 16 สิงหาคม 2536 ตั้งตำบลวังน้ำเขียว แยกออกจากตำบลทุ่งกระพังโหม[16]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลกำแพงแสนเป็นเทศบาลตำบลกำแพงแสน

คำขวัญอำเภอ

เมืองเก่าโบราณ สถานผลิตนักบินประเทศ แหล่งบัณฑิตการเกษตร เขตพื้นดินเนื้อดี อนุสาวรีย์อินทรศักดิ์ศจี ปฐมพีแห่งความร่มเย็น

[17]