สมัยรัชกาลที่ 5 ในช่วงปี พ.ศ. 2436 (ร.ศ. 112) สยามเกิดกรณีพิพาทกับฝรั่งเศสซึ่งทำให้ต้องเสียดินแดนฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงไปโดยได้ตกลงทำสัญญาว่า ฝรั่งเศสจะยึดจันทบุรีไว้เป็นประกันนานถึง 11 ปีเศษ ในปี พ.ศ. 2440 (ร.ศ. 116) ได้มีการใช้พระราชบัญญัติปกครองท้องที่ คือจัดตั้งอำเภอ ตำบล และหมู่บ้านขึ้น ที่ทำงานของรัฐบาลในอำเภอเรียกว่า "ที่ว่าการอำเภอ" ซึ่งมีผลทำให้ขลุงจัดตั้งขึ้นเป็น อำเภอขลุง ในปี พ.ศ. 2441 (ร.ศ. 117)