อำเภอคลองขลุง เป็นอำเภอหนึ่งใน 7 อำเภอ ของจังหวัดกำแพงเพชร แต่เดิมเรียกชื่ออำเภอนี้ว่า "อำเภอขาณุ" ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการในราชกิจจานุเบกษาเล่ม 35 หน้า 583 ลงวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2464 ซึ่ง "ขาณุ" มีความหมายว่า "ตอ"

ครั้นต่อมา ได้มีพระราชกฤษฏีกาเปลี่ยนแปลงชื่ออำเภอนี้ใหม่ให้เหมาะสมกับสภาพท้องที่ คือ "อำเภอคลองขลุง" เนื่องจากบริเวณที่ตั้งของที่ว่าการอำเภอมีลำคลองขลุงไหลผ่าน[1]

• วันที่ 29 เมษายน 2460 เปลี่ยนแปลงชื่อกิ่งอำเภอขาณุ อำเภอขาณุ (อำเภอคลองขลุง) จังหวัดกำแพงเพชร มณฑลนครสวรรค์ เป็น กิ่งอำเภอแสนตอ[2]
• วันที่ 17 เมษายน 2482 เปลี่ยนแปลงชื่อกิ่งอำเภอแสนตอ อำเภอขาณุ (อำเภอคลองขลุง) เป็น กิ่งอำเภอขาณุวรลักษบุรี และเปลี่ยนแปลงชื่ออำเภอขาณุ จังหวัดกำแพงเพชร เป็น อำเภอคลองขลุง[3]
• วันที่ 10 มิถุนายน 2490 ตั้งตำบลวังยาง แยกออกจากตำบลคลองขลุง[4]
• วันที่ 16 พฤศจิกายน 2491 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอขาณุวรลักษบุรี อำเภอคลองขลุง เป็น อำเภอขาณุวรลักษบุรี[5]
• วันที่ 30 พฤษภาคม 2499 จัดตั้งสุขาภิบาลคลองขลุง ในท้องที่บางส่วนของตำบลคลองขลุง[6]
• วันที่ 16 เมษายน 2506 จัดตั้งสุขาภิบาลท่าพุทรา ในท้องที่บางส่วนของตำบลท่าพุทรา[7]
• วันที่ 31 มกราคม 2510 ตั้งตำบลท่ามะเขือ แยกออกจากตำบลคลองขลุง[8]
• วันที่ 28 กรกฎาคม 2513 จัดตั้งสุขาภิบาลท่ามะเขือ ในท้องที่บางส่วนของตำบลท่ามะเขือ[9]
• วันที่ 19 กันยายน 2515 ตั้งตำบลทุ่งทราย แยกออกจากตำบลวังยาง[10]
• วันที่ 2 ตุลาคม 2522 ตั้งตำบลโพธิ์ทอง แยกออกจากตำบลวังไทร[11]
• วันที่ 21 กรกฎาคม 2524 ตั้งตำบลปางตาไว แยกออกจากตำบลโพธิ์ทอง[12]
• วันที่ 25 กันยายน 2527 ตั้งตำบลวังบัว แยกออกจากตำบลท่าพุทรา ตั้งตำบลถาวรวัฒนา แยกออกจากตำบลวังแขม และตั้งตำบลทุ่งทอง แยกออกจากตำบลทุ่งทราย[13]
• วันที่ 21 ตุลาคม 2528 ตั้งตำบลหินดาด แยกออกจากตำบลโพธิ์ทอง[14]
• วันที่ 12 ธันวาคม 2529 ตั้งตำบลคลองสมบูรณ์ แยกออกจากตำบลหัวถนน[15]
• วันที่ 22 เมษายน 2535 แยกพื้นที่ตำบลทุ่งทราย ตำบลทุ่งทอง และตำบลถาวรวัฒนา อำเภอคลองขลุง มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอทุ่งทราย[16] ขึ้นกับอำเภอคลองขลุง
• วันที่ 8 มิถุนายน 2536 แยกพื้นที่ตำบลโพธิ์ทอง ตำบลหินดาด และตำบลปางตาไว อำเภอคลองขลุง มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอปางศิลาทอง[17] ขึ้นกับอำเภอคลองขลุง
• วันที่ 5 มีนาคม 2539 เปลี่ยนแปลงชื่อกิ่งอำเภอทุ่งทราย อำเภอคลองขลุง เป็น กิ่งอำเภอทรายทองวัฒนา[18]
• วันที่ 26 กันยายน 2540 ยกฐานะกิ่งอำเภอทรายทองวัฒนา อำเภอคลองขลุง และกิ่งอำเภอปางศิลาทอง อำเภอคลองขลุง เป็น อำเภอทรายทองวัฒนา และ อำเภอปางศิลาทอง[19]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลคลองขลุง สุขาภิบาลท่าพุทรา และสุขาภิบาลท่ามะเขือ เป็นเทศบาลตำบลคลองขลุง เทศบาลตำบลท่าพุทรา และเทศบาลตำบลท่ามะเขือ ตามลำดับ