ท้องที่อำเภอคลองเขื่อนเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอบางคล้า ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอคลองเขื่อน ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ. 2536 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 31 พฤษภาคม ปีเดียวกัน[1] และต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาเมื่อวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ยกฐานะขึ้นเป็น อำเภอคลองเขื่อน โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[2]