จากหลักฐานด้านโบราณคดีชี้ให้เห็นว่า ในท้องที่อำเภอคีรีรัฐนิคมปัจจุบันเคยเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของมนุษย์มาตั้งแต่ยุคก่อนประวัติศาสตร์ โดยเฉพาะตั้งแต่ยุคหินใหม่เป็นต้นมา ดังที่มีการค้นพบเครื่องมือเครื่องใช้ของมนุษย์ยุคดังกล่าวที่คีรีรัฐนิคมด้วย เนื่องจากคีรีรัฐนิคมตั้งอยู่ห่างจากชายฝั่งทะเลประมาณ 60-70 กิโลเมตร อยู่ในเส้นทางคาบสมุทรจากเมืองไชยาไปเมืองตะกั่วป่า และมีทรัพยากรธรรมชาติที่สำคัญคือ ดีบุก ไม้ และของป่า ทำให้คีรีรัฐนิคมมีโอกาสที่จะพัฒนาขึ้นมาเป็นชุมชนขนาดใหญ่ได้ด้วยปัจจัยสองประการ คือ ประการแรก เกิดจากการตั้งด่านสำหรับขนถ่ายสินค้าและคนโดยสารข้ามคาบสมุทรจากฝั่งตะวันตก ประการที่สอง เกิดจากการเป็นแหล่งผลิตดีบุก ไม้ และของป่า จึงมีราษฎรอพยพโยกย้ายเข้าไปอาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก เกิดเป็นชุมชนขนาดใหญ่ขึ้นมา ในพุทธศตวรรษที่ 13 อำเภอคีรีรัฐนิคมรวมอยู่ในอาณาจักรศรีวิชัย เมื่ออาณาจักรศรีวิชัยเสื่อมลง ดินแดนแห่งศรีวิชัยได้แยกออกเป็น 3 เมือง คือ

• เมืองไชยา ตั้งอยู่ในอำเภอไชยาปัจจุบัน
• เมืองท่าทอง ตั้งอยู่ในลุ่มแม่น้ำท่าทองอุแท อำเภอกาญจนดิษฐ์ในปัจจุบัน
• เมืองคีรีรัฐนิคม ตั้งอยู่ริมฝั่งซ้ายคลองพุมดวง อันเป็นที่ตั้งอำเภอคีรีรัฐนิคมในปัจจุบัน

เมืองไชยานั้นขึ้นตรงต่อกรุงศรีอยุธยา ส่วนเมืองท่าทองกับเมืองคีรีรัฐนิคมขึ้นตรงต่อเมืองนครศรีธรรมราช ครั้นถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ยกฐานะเมืองท่าทองเป็นเมืองจัตวาขึ้นตรงต่อกรุงเทพมหานครเช่นเดียวกัน

ร.ศ.107 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้แบ่งเขตการปกครองทั่วราชอาณาจักรออกเป็นมณฑล โปรดให้รวมเมืองไชยา เมืองกาญจนดิษฐ์ และเมืองคีรีรัฐนิคมเข้าเป็นเมืองเดียวกันเรียกว่า "เมืองไชยา" ตั้งศาลากลางที่บ้านดอน รวมเมืองไชยา เมืองชุมพร และเมืองหลังสวนขึ้นเป็นมณฑลหนึ่งเรียกว่า "มณฑลชุมพร" ตั้งศาลามณฑลอยู่ที่เมืองชุมพร ต่อมาได้ย้ายศาลามณฑลมาตั้งที่บ้านดอน บริเวณเดียวกับศาลากลางเมืองไชยา ยกฐานะเมืองท่าทองเป็นอำเภอ เอาชื่อเมืองกาญจนดิษฐ์ให้เป็นชื่ออำเภอเรียกว่า "อำเภอกาญจนดิษฐ์" ลดฐานะเมืองไชยาเดิมเป็นอำเภอเรียกว่า "อำเภอไชยา" และลดฐานะเมืองคีรีรัฐนิคมเป็น อำเภอคีรีรัฐนิคม

จนถึง พ.ศ. 2458 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เสด็จพระราชดำเนินมณฑลปักษ์ใต้ ประทับแรมที่ตำหนักสวนสราญรมย์ควนท่าข้าม อำเภอพุนพิน ทอดพระเนตรเห็นประชาชนพลเมืองมีกิริยามารยาทเรียบร้อย ประกอบกับได้ทรงทราบจากผู้ปกครองบ้านเมืองว่าประชาชนตั้งมั่นอยู่ในศีลธรรม เคารพหนักแน่นในพระพุทธศาสนา จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนชื่อเมืองไชยาเป็น "เมืองสุราษฎร์ธานี" อันแปลว่า "เมืองคนดี" เปลี่ยนชื่อมณฑลชุมพรเป็น "มณฑลสุราษฎร์" และเปลี่ยนชื่ออำเภอคีรีรัฐนิคมเป็น อำเภอท่าขนอน เพื่อให้ตรงกับตำบลที่ตั้งอำเภอซึ่งเป็นด่านเก็บภาษี ด่านนี้เก็บภาษีจากสินค้าซึ่งเข้ามาทางจังหวัดพังงา ตะกั่วป่า และภูเก็ต ผ่านมาทางภูเขาแล้วล่องมาตามลำน้ำคลองพุมดวงเข้าไปยังอำเภอต่าง ๆ ตามชายฝั่งทะเลหรือริมทางรถไฟ ชื่อของอำเภอจึงใช้ "ท่าขนอน" ตั้งแต่นั้นมา

ในรัชสมัยสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดให้ยุบมณฑลสุราษฎร์และให้จังหวัดสุราษฎร์ธานีและจังหวัดอื่น ๆ ที่เคยขึ้นกับมณฑลสุราษฎร์ไปขึ้นกับมณฑลนครศรีธรรมราช ต่อมาราชการได้ยุบมณฑลทั่วราชอาณาจักร จังหวัดสุราษฎร์ธานีนี้ขึ้นกับกระทรวงมหาดไทย อำเภอคีรีรัฐนิคมจึงขึ้นต่อจังหวัดสุราษฎร์ธานีจนถึงปัจจุบัน

• วันที่ 17 กรกฎาคม 2453 ยุบอำเภอพนม แขวงเมืองไชยา ลงเป็น กิ่งอำเภอพนม ขึ้นกับอำเภอคีรีรัฐนิคม[2]
• วันที่ 29 พฤศจิกายน 2479 โอนพื้นที่หมู่ 5,6,7 (ในขณะนั้น) ของตำบลเขาวง กิ่งอำเภอพนม อำเภอท่าขนอน ไปขึ้นกับตำบลต้นยวน กิ่งอำเภอพนม อำเภอท่าขนอน และโอนพื้นที่ตำบลเขาวง กิ่งอำเภอพนม อำเภอท่าขนอน มาขึ้นกับอำเภอท่าขนอน ดังเดิม และโอนพื้นที่หมู่ 7 (ในขณะนั้น) ของตำบลพะแสง อำเภอท่าขนอน ไปขึ้นกับตำบลพนม กิ่งอำเภอพนม อำเภอท่าขนอน[3]
• วันที่ 30 กันยายน 2490 ตั้งตำบลเขาวง แยกออกจากตำบลพรุไทย ตำบลพะแสง และตำบลย่านยาว[4]
• วันที่ 28 ตุลาคม 2490 ตั้งตำบลบ้านยาง แยกออกจากตำบลท่าขนอน และตำบลท่ากระดาน ตั้งตำบลตะกุกซ้าย แยกออกจากตำบลน้ำหัก และตำบลตะกุก[5]
• วันที่ 4 มกราคม 2492 ยุบตำบลตะกุก ตำบลตะกุกซ้าย อำเภอคีรีรัฐนิคม และตั้งตำบลตะกุกเหนือ และตำบลตะกุกใต้ ขึ้นใหม่ (1,2,3)[6] โดย
  • (1) ตั้งตำบลตะกุกเหนือ โดยกำหนดให้ หมู่ 6 ตำบลตะกุกซ้าย (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 1, หมู่ 7 ตำบลตะกุก (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 2, หมู่ 10 ตำบลตะกุก (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 3, หมู่ 2 ตำบลตะกุก (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 4, หมู่ 5 ตำบลตะกุก (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 5 และหมู่ 5 ตำบลตะกุกซ้าย (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 6
  • (2) ตั้งตำบลตะกุกใต้ โดยกำหนดให้ หมู่ 9 ตำบลตะกุก (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 1, หมู่ 1 ตำบลตะกุก (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 2, หมู่ 2 ตำบลตะกุกซ้าย (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 3, หมู่ 8 ตำบลน้ำหัก ตั้งเป็นหมู่ที่ 4, หมู่ 3 ตำบลตะกุกซ้าย (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 5 และหมู่ 4 ตำบลตะกุกซ้าย (ที่ถูกยุบ) ตั้งเป็นหมู่ที่ 6
  • (3) โอนหมู่ที่ 1 ตำบลตะกุกซ้าย (ที่ถูกยุบ) ไปขึ้นกับตำบลน้ำหัก
• วันที่ 20 กันยายน 2499 จัดตั้งสุขาภิบาลท่าขนอน ในท้องที่บางส่วนของตำบลท่าขนอน[7]
• วันที่ 15 ตุลาคม 2499 จัดตั้งสุขาภิบาลพนม ในท้องที่บางส่วนของตำบลพนม[8]
• วันที่ 11 เมษายน 2504 เปลี่ยนแปลงชื่ออำเภอท่าขนอน จังหวัดสุราษฎร์ธานี เป็น อำเภอคีรีรัฐนิคม[9]
• วันที่ 16 พฤศจิกายน 2514 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอพนม อำเภอคีรีรัฐนิคม เป็น อำเภอพนม[10]
• วันที่ 17 กรกฎาคม 2516 แยกพื้นที่ตำบลเขาวง ตำบลไกรสร ตำบลเขาพัง ตำบลพะแสง ตำบลพรุไทย อำเภอคีรีรัฐนิคม มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอบ้านตาขุน ขึ้นกับอำเภอคีรีรัฐนิคม[11]
• วันที่ 8 กันยายน 2519 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอบ้านตาขุน อำเภอคีรีรัฐนิคม เป็น อำเภอบ้านตาขุน[12]
• วันที่ 12 พฤษภาคม 2524 ตั้งตำบลบ้านทำเนียบ แยกออกจากตำบลย่านยาว[13]
• วันที่ 22 เมษายน 2535 แยกพื้นที่ตำบลตะกุกใต้ และตำบลตะกุกเหนือ อำเภอคีรีรัฐนิคม มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอวิภาวดี ขึ้นกับอำเภอคีรีรัฐนิคม[14]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลท่าขนอน เป็นเทศบาลตำบลท่าขนอน
• วันที่ 8 กันยายน 2550 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอวิภาวดี อำเภอคีรีรัฐนิคม เป็น อำเภอวิภาวดี[15]