ลักษณะพื้นที่อำเภอจอมทอง ส่วนใหญ่เป็นที่ราบกว้าง ระหว่างริมฝั่งแม่น้ำปิง และน้ำแม่กลาง ซึ่งเป็นชุมชนหนาแน่นกระจายในพื้นที่ดังกล่าว พื้นที่หุบเขาเชิงเขาทางทิศตะวันตก ซึ่งใช้ประโยชน์ในการทำนา ทำสวน ทำไร่ ปลูกไม้ยืนต้น เช่น ลำไย สำหรับบริเวณภูเขาเป็นแหล่งต้นน้ำลำธารและที่อยู่อาศัย

สภาพพื้นที่ พื้นที่สูงทางตอนกลาง ที่ราบลุ่มทางทิศเหนือ และพื้นที่ภูเขาทางทิศตะวันตกของอำเภอ

ภูเขา ด้านตะวันตกมีเทือกเขาอินทนนท์ ซึ่งมียอดเขาที่สูงที่สุดในประเทศไทย คือ สูงจากระดับน้ำทะเลปานกลาง 2,565.3341 เมตร กั้นเขตแดนระหว่างอำเภอจอมทองและอำเภอแม่แจ่มโดยตลอด

แม่น้ำ มีลำน้ำสำคัญ ได้แก่ ลำน้ำปิง ลำน้ำแม่กลาง ลำน้ำแม่แจ่ม ลำน้ำแม่เตี๊ยะ ลำน้ำแม่แต๊ะ และลำน้ำแม่สอย