จะนะเดิมเป็นเมืองขึ้นของเมืองพัทลุง ซึ่งมีอยู่ด้วยกัน 4 เมือง ได้แก่ ปะเหลียน จะนะ เทพา และสงขลา ต่อมา สงขลาได้แยกออกจากเมืองพัทลุง จะนะ จึงไปขึ้นกับเมืองสงขลา มีฐานะเป็นเมืองหน้าด่านทางตอนใต้และมีการสู้รบกับหัวเมืองมลายูตลอดเวลา ขณะนี้เป็นเมืองขึ้นของพัทลุง เจ้าพระยาพัทลุง (บุน) ได้แต่งตั้งนายอินทร์ หรือเณรน้องชาย ไปเป็นเจ้าเมืองจะนะ มีพระราชทินนามว่า พระมหานุภาพปราบสงคราม ซึ่งบ่งบอกให้รู้ว่าเจ้าเมืองเป็นนักรบ เมืองจะนะ จึงน่าจะเป็นสมรภูมิรบ แต่ที่ตั้งเมืองจะนะในขณะนั้นคือ ที่นาทวีเมืองจะนะไปเป็นเมืองขึ้นของสงขลา เจ้าเมืองสงขลาได้แต่งตั้งให้นายฉิน บุตรของอดีตเจ้าเมืองสงขลา (โยม) ขึ้นเป็นขุนรองราชมนตรี คุมไพร่ส่วยดีบุก 9 หมวด ทำให้เมืองจะนะกับเมืองสงขลา มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกัน ในระยะที่พม่าส่งกองทัพใหญ่ลงไปตีหัวเมืองภาคใต้ ทั้งเจ้าเมืองจะนะและขุนรองราชมลตรีเมืองจะนะ ประสบชะตากรรม ถูกประหารชีวิต เนื่องจากกรมพระราชวังบวรนทสุรสีหนาถ ยกทัพจากรุงเทพมาปราบพม่าและหัวเมืองทางใต้ คือ ปัตตานี พบว่าเจ้าเมืองจะนะ ได้ลอบมีหนังสือไปถึงพม่าให้มาตีเมืองสงขลาและพัทลุง ส่วนขุนรองราชมนตรี มีความขัดเคืองกับพระสงขลาและได้ก่อกบฏพร้อมกับนายทหารทิดเพ็ชร ยึดเมืองสงขลาและสำเร็จราชการเองได้ ปฏิบัติงานประมาทปล่อยเชลยเมืองปัตตานีหลบหนีไป จะนะตกเป็นเมืองขึ้นของเมืองสงขลา ได้มีเจ้าเมืองจะนะหลายคนผลัดกันขึ้นเป็นเจ้าตลอดเวลา มีแต่เรื่องการทำสงครามกับเมืองต่างๆ มีทั้งยกทัพไปรวมกับทัพสงขลาเพื่อไปรบพม่าร่วมมือกับหัวเมืองอื่น ไปตั้งรับทัพจากไทรบุรี จนกระทั่งเมืองจะนะ ถูกข้าศึกจากเมืองปัตตานีมาโจมตีเสียหายอย่างยับเยิน จะนะยังไม่ทันได้ฟื้นฟูบ้านเมืองจากการถูกเผา เมืองสงขลาก็แสวงหาผลประโยชน์จากเมืองจะนะ ในการรับเงินส่วยแทนกระดานทีละจำนวนมาก (แสดงให้เห็นว่าในอดีต คนจะนะต้องส่งส่วยกระดาน) นอกจากนี้ยังมีส่วนดีบุกและส่วนเสื่ออาสนะกันแชงเตย ที่คนจะนะต้องทำส่งอย่างไม่เป็นธรรม เจ้าเมืองจะนะได้วางเฉยเมืองสงขลาทวยส่วย อย่างบันทึกในใบบอกตอนหนึ่งว่า

ด้วยเงินส่วยดีบุกจะนะ 9 หมวด เสืออานะกันเชยเตย ปีชวด สัมฤทิศกข้าพเจ้าให้กรมการเร่งพระมหานุภาพปราบสงคราม พระจะนะให้ส่งเงินส่วยดีบุก 9 หมวด เสื่ออาสนะกันแชงเตยมายังเมืองสงขลา ข้าพเจ้าให้กรมการมีหนังสือเตือน พระมหานุภาพปราบสงครามพระจะนะถึง 3 ครั้ง พระมหานุภาพปราบสงคราม ก็ไม่ตอบหนังสือมาว่าประการใดสั่งกับผู้ถือมาว่า หลวงไชยสุรินทร์ กรมการเมืองสงขลาเก็บเรียกเงินส่วนกระดานที่ตัวไร่ส่วยดีบุกจะนะ 9 หมวดเสียแล้ว พระมหานุภาพปราบสงครามพระจะนะไม่มีเงินจะส่ง

จะเห็นว่าเมืองจะนะ ไม่มีความสงบสุขมากนัก ต้องระมัดระวังศึกสงครามตลอดเวลาและชาวเมืองจะนะ ยังต้องทำงานเพื่อส่งสวยไปให้เมืองสงขลา แต่สิ่งที่ทำให้เมืองจะนะยืนหยัดเป็นเมืองอยู่ได้ด้วยความสามารถของคนจะนะ บางครั้งต้องยอมสยบ บางครั้งพยายามเรียกร้องอิสรภาพและดื้อแพ่งกบฏต่อความไม่เป็นธรรม ชาวจะนะน่าจะภูมิใจว่า อนึ่งที่ตั้งของเมืองจะนะนั้น มีการย้ายเมืองอยู่บ่อยๆ เนื่องจากเป็นเมืองที่ต้องทำการรบอยู่ตลอดเวลา ระยะแรกเชื้อว่าเมืองจะนะตั้งอยู่ที่ วังดาโต๊ะหรือวังโต้ ที่นาทวีปัจจุบันซึ่งอาจเป็นไปได้ เพราะเจ้าเมืองจะนะคนแรกคือ พระมหานุภาพปราบสงคราม (อินทร์หรือเณร) บุตรพระยาราชบังสันซึ่งเป็นมุสลิม ต่อมาได้ย้ายเมืองไปอยู่ที่ปลักจะนะ และย้ายไปอยู่ที่บ้านในเมืองตำบลป่าชิงปัจจุบัน จากนั้นย้ายไปตั้งที่จะโหนง เมื่อเปลี่ยนการปกครองแบบเทศาภิบาล อำเภอจะนะก็ไปตั้งที่ว่าการที่อำเภอนาทวี แต่ด้วยเหตุที่การคมนาคม ไม่ค่อยสะดวก จึงย้ายไปตั้งที่ใหม่ ที่บ้านนา พร้อมเปลี่ยนชื่อเป็นอำเภอบ้านนา แต่ไปฟ้องกับชื่ออำเภอหนึ่งในจังหวัดนครนายก จึงได้เปลี่ยนชื่อไปเป็น อำเภอจะนะ ตามเดิม