เดิมขึ้นกับอำเภอกำแพงแสน ต่อมาได้รับการแยกออกมาเป็นกิ่งอำเภอดอนตูม และตั้งเป็นอำเภอดอนตูมในปัจจุบัน คำว่า "ดอน" มาจากทำเลที่ตั้งมีพื้นที่อยู่ในที่สูงไม่เคยมีประวัติถูกน้ำท่วมใหญ่เลย ซึ่งอดีตเรียกบริเวณนี้ว่า "เมืองตูม" สันนิษฐานว่าเป็นชื่อเมืองเก่าแก่ในสมัยโบราณ ต่อมาทางราชการจึงจัดตั้งอำเภอชื่อแรก คือ อำเภอสามแก้ว ต่อมาเปลี่ยนเป็นอำเภอกำแพงแสน ทำให้ในสมัยนั้นอำเภอดอนตูมขึ้นกับอำเภอกำแพงแสน

ส่วนนี้เริ่มตั้งแต่ตั้งอำเภอดอนตูมถึงปัจจุบัน (รายปี)

• วันที่ 1 มกราคม 2509 จัดตั้ง กิ่งอำเภอดอนตูม โดยแยกพื้นที่ตำบลสามง่าม ตำบลห้วยพระ ตำบลลำเหย ตำบลดอนพุทรา ตำบลบ้านหลวง ตำบลดอนรวก และตำบลห้วยด้วนจากอำเภอกำแพงแสน[1]
• วันที่ 1 มีนาคม 2510 จัดตั้งสุขาภิบาลสามง่าม ในท้องที่ตำบลสามง่าม[2]
• วันที่ 1 มีนาคม 2512 ยกฐานะเป็น อำเภอดอนตูม[3]
• วันที่ 15 เมษายน 2525 ตั้งตำบลลำลูกบัว แยกออกจากตำบลสามง่าม[4]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลสามง่ามเป็นเทศบาลตำบลสามง่าม