ท้องที่อำเภอด่านมะขามเตี้ยนั้นแต่เดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอเมืองกาญจนบุรี ต่อมาทางการจึงได้แบ่งพื้นที่ 3 ตำบลออกจากอำเภอเมืองกาญจนบุรี (ตำบลด่านมะขามเตี้ย กลอนโต และจรเข้เผือก) มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอด่านมะขามเตี้ย ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2533 มีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน ปีเดียวกัน[1] และต่อมาจึงได้มีพระราชกฤษฎีกาลงวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2538 ให้ยกฐานะเป็น อำเภอด่านมะขามเตี้ย มีผลในวันที่ 8 กันยายน พ.ศ. 2538[2] จากนั้นมาจึงได้มีฐานะเป็นอำเภอจวบจนถึงปัจจุบัน