ในสมัยโบราณอำเภอทองผาภูมิเคยเป็นเส้นทางเดินทัพบกโดยปรากฏชื่อเมืองท่าขนุน ซึ่งตั้งอยู่ที่บ้านท่าขนุน ตำบลท่าขนุน ต่อมาทางราชการให้ฐานะเป็น กิ่งอำเภอสังขละบุรี ขึ้นกับอำเภอวังกะ จนกระทั่งในวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2482 จึงได้มีการเปลี่ยนชื่อกิ่งอำเภอสังขละบุรีเป็น กิ่งอำเภอทองผาภูมิ ส่วนอำเภอวังกะที่กิ่งอำเภอขึ้นตรงนั้นได้รับการเปลี่ยนชื่อเป็น "อำเภอสังขละบุรี" แทน[1] ต่อมาจึงได้มีการยกฐานะกิ่งอำเภอนี้ขึ้นมาเป็น อำเภอทองผาภูมิ ตามประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี ลงวันที่ 20 พฤษภาคม พ.ศ. 2484 ซึ่งในขณะเดียวกันอำเภอสังขละบุรีได้ถูกยุบลงเป็นกิ่งอำเภอสังขละบุรีอีกด้วย[2]