อำเภอนาดีเดิมอยู่ในเขตการปกครองของอำเภอกบินทร์บุรี จังหวัดปราจีนบุรี แต่เนื่องจากอำเภอกบินทร์บุรีมีพื้นกว้างใหญ่และในบางพื้นที่มีการแทรกซึมของพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย กระทรวงมหาดไทยจึงประกาศให้แยกตำบลนาดี สัมพันตา ทุ่งโพธิ์ และสะพานหิน ออกจากอำเภอกบินทร์บุรีรวมกันจัดตั้งเป็นกิ่งอำเภอนาดี เมื่อวันที่ 15 กรกฎาคม พ.ศ. 2517 [1] และได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นอำเภอนาดีเมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2524 [2]