ท้องที่อำเภอน้ำขุ่นเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอน้ำยืน ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอน้ำขุ่น ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 26 มิถุนายน พ.ศ. 2539 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 15 กรกฎาคม ปีเดียวกัน[1] และต่อมาในวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ได้มีพระราชกฤษฎีกายกฐานะขึ้นเป็น อำเภอน้ำขุ่น โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[2]