อำเภอบางคล้าเป็นอำเภอใหญ่อำเภอหนึ่ง เดิมแบ่งเขตการปกครองเป็นสองอำเภอ คือ อำเภอหัวไทรและอำเภอบางคล้า จนถึงปี พ.ศ. 2447 สมเด็จพระบรมวงศ์เธอกรมพระยาดำรงราชานุภาพกราบบังคมทูลให้มีพระบรมราชโองการยุบอำเภอหัวไทรลง อำเภอบางคล้าเดิมตั้งอยู่ที่วัดใหม่บางคล้า ตำบลบางสวนในปัจจุบัน ต่อมาทางราชการเห็นว่าที่ตั้งที่ว่าการอำเภอไม่อยู่ในบริเวณศูนย์กลาง จึงย้ายมาอยู่ที่ตำบลเตาสุราซึ่งเป็นที่ตั้งที่ว่าการอำเภอในปัจจุบัน

• วันที่ 14 มีนาคม 2480 ยกฐานะท้องที่บางส่วนของตำบลบางคล้า จัดตั้งเป็น เทศบาลตำบลบางคล้า[1]
• วันที่ 13 พฤศจิกายน 2488 เปลี่ยนแปลงเขตเทศบาลตำบลบางคล้า ตามความจำเป็นแห่งการบริหารงานของเทศบาล[2] โดยเพิ่มพื้นที่ให้ครอบคลุมตำบลบางคล้าทั้งตำบล
• วันที่ 29 กรกฎาคม 2490 ตั้งตำบลบางเล่า แยกออกจากตำบลบางตลาด ตั้งตำบลสาวชะโงก แยกออกจากตำบลบางสวน ตั้งตำบลเสม็ดเหนือ แยกออกจากตำบลเสม็ด (ตำบลเสม็ดใต้ในปัจจุบัน)[3]
• วันที่ 20 กรกฎาคม 2491 โอนพื้นที่หมู่ 5 (ในขณะนั้น) ของตำบลปากน้ำ ไปตั้งเป็นหมู่ 10 ของตำบลบางคล้า (เพิ่มเข้าไปในพื้นที่เทศบาลตำบลบางคล้า)[4]
• วันที่ 6 มิถุนายน 2493 โอนพื้นที่ตำบลหัวสำโรง อำเภอพนมสารคาม ไปขึ้นกับ อำเภอบางคล้า[5]
• วันที่ 1 มีนาคม 2501 จัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบลสาวชะโงก ในพื้นที่ตำบลสาวชะโงก[6]
• วันที่ 4 พฤษภาคม 2508 ยุบองค์การบริหารส่วนตำบลสาวชะโงก และจัดตั้งสุขาภิบาลสาวชะโงก ในท้องที่ตำบลสาวชะโงกทั้งตำบล บางส่วนของตำบลบางสวน และบางส่วนของตำบลเสม็ดเหนือ[7]
• วันที่ 20 กรกฎาคม 2508 จัดตั้งสุขาภิบาลแปลงยาว ในท้องที่บางส่วนของตำบลแปลงยาว และตำบลวังเย็น[8]
• วันที่ 29 พฤษภาคม 2516 จัดตั้งสุขาภิบาลปากน้ำ ในท้องที่บางส่วนของตำบลปากน้ำ[9]
• วันที่ 21 กันยายน 2519 ยุบสุขาภิบาลสาวชะโงก[10] เนื่องจากไม่สามารถบริหารกิจการของสุขาภิบาลให้เจริญก้าวหน้าได้ และประชาชนในเขตสุขาภิบาลไม่ต้องการให้ท้องถิ่นนี้เป็นการปกครองรูปสุขาภิบาล
• วันที่ 16 มกราคม 2521 แยกพื้นที่ตำบลแปลงยาว ตำบลวังเย็น และตำบลหัวสำโรง อำเภอบางคล้า มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอแปลงยาว ขึ้นกับอำเภอบางคล้า
• วันที่ 21 เมษายน 2524 ตั้งตำบลหนองไม้แก่น แยกออกจากตำบลวังเย็น[11]
• วันที่ 15 มีนาคม 2528 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอแปลงยาว อำเภอบางคล้า เป็น อำเภอแปลงยาว[12]
• วันที่ 8 มิถุนายน 2536 แยกพื้นที่ตำบลก้อนแก้ว ตำบลคลองเขื่อน ตำบลบางเล่า ตำบลบางโรง และตำบลบางตลาด อำเภอบางคล้า มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอคลองเขื่อน ขึ้นกับอำเภอบางคล้า[13]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลปากน้ำ เป็นเทศบาลตำบลปากน้ำ
• วันที่ 15 กันยายน 2547 ยุบองค์การบริหารส่วนตำบลปากน้ำ รวมกับเทศบาลตำบลปากน้ำ[14]
• วันที่ 8 กันยายน 2550 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอคลองเขื่อน อำเภอบางคล้า เป็น อำเภอคลองเขื่อน[15]