อำเภอบางบัวทองตั้งชื่อตามคลองบางบัวทองซึ่งเป็นคลองที่แยกจากแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันตกตรงข้ามเกาะเกร็ด มีความยาวประมาณ 10 กิโลเมตร มีคำอธิบายที่มาของชื่อคลองอยู่สองแบบ ได้แก่

• สันนิษฐานกันว่า เดิมพื้นที่บริเวณคลองสายนี้มีต้นบัวหลวงขึ้นอยู่จำนวนมาก ต่อมามีผู้คนเข้ามาตั้งถิ่นฐานตามริมฝั่งคลอง บุกเบิกที่ดินเป็นไร่นาและเก็บฝักบัวดอกบัวในคลองไปขายได้เงินทองมาก จึงเรียกคลองนี้ว่า "คลองบางบัวทอง"[3]
• มีนิทานเล่าว่า ในอดีตมีพระราชาหรือเจ้านายในวังเสด็จประพาสทางน้ำมาถึงบริเวณนี้และทรงใช้กระบวยทองตักน้ำในคลองเพื่อจะสรงพระพักตร์ แต่กระบวยทองหลุดจากพระหัตถ์จมหายไปในลำคลอง แม้จะใช้แหอวนลากหาแต่ก็หาไม่พบ ทำให้ผู้คนแถบนั้นเรียกคลองสายนี้ว่า "คลองกระบวยทอง" และเพี้ยนเสียงเป็น "คลองบางบัวทอง" ในเวลาต่อมา[4][5]