อำเภอบางปะกงตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกใต้ของจังหวัดฉะเชิงเทรา บริเวณปากแม่น้ำบางปะกง ห่างจากตัวจังหวัดไปประมาณ 22 กิโลเมตร และอยู่ห่างจากกรุงเทพมหานครประมาณ 45 กิโลเมตร มีอาณาเขตติดต่อกับพื้นที่ข้างเคียงดังต่อไปนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอบ้านโพธิ์
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอบ้านโพธิ์ และอำเภอพานทอง (จังหวัดชลบุรี)
• ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอเมืองชลบุรี (จังหวัดชลบุรี) และอ่าวไทย
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอบางบ่อ (จังหวัดสมุทรปราการ)