อำเภอบางปะหัน เดิมชื่อว่า อำเภอนครใน เคยตั้งอยู่ริมคลองบางนางร้า บริเวณหลังวัดอินกัลยา (ปัจจุบันคือ หมู่ที่ 1 ตำบลบ้านลี่) พ.ศ. 2440 ได้ย้ายที่ว่าการอำเภอมาอยู่ที่บริเวณริมแม่น้ำลพบุรี ฝั่งตะวันออกในท้องที่ตำบลเกาะเลิ่งขณะนี้ (ปัจจุบัน คือหมู่ที่ 6 ตำบลบางปะหัน) ห่างจากที่ว่าการอำเภอบางปะหัน ประมาณ 100 เมตร ไปทางทิศใต้เพื่อความเหมาะสมกับสภาพท้องที่ แลเพื่ออำนวยความสะดวกในการคมนาคมในสมัยนั้น ซึ่งแต่เดิมต้องใช้เรือเป็นพาหนะในการเดินทางรูปแบบของอำเภอเป็นแบบปั้นหยา ทรงเตี้ยเสาก่อด้วยอิฐ แบบอาคารสมัยรัชการที่ 5 และยังคงใช้ชื่อว่า “อำเภอนครใน”ตามเดิม

พ.ศ. 2549 ในสมัยรัชการที่ 6 ได้เปลี่ยนคำว่า ”เมือง” ให้เป็น “จังหวัด” แบ่งจังหวัดเป็นอำเภอ และแบ่งอำเภอออกเป็นตำบลให้เหมาะสม ตำบลเกาะเลิ่งซึ่งมีเนื้อที่กว้างใหญ่ ได้ถูกเปลี่ยนแปลงออกเป็น 2 ตำบล โดยถือแนวคลองเกาะเลิ่งเป็นแนวเขตแบ่งตำบล ฝั่งตะวันออกของคลอง ที่อยู่ฝั่งเดียวกับหมู่บ้านบางปะหัน ให้เป็นตำบลบางปะหัน ตำบลเกาะเลิ่งเดิมนั้นยกเลิก ไม่เป็นตำบลอีกต่อไป ส่วนชื่ออำเภอ ทางราชการมีนโยบายให้เปลี่ยนชื่อตามตำบลซึ่งเป็นที่ตั้งของที่ว่าการอำเภอ จึงได้เปลี่ยนชื่อจาก อำเภอนครใน มาเป็นอำเภอบางปะหัน ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา

พ.ศ. 2464 ที่ว่าการอำเภอหลังเก่าชำรุดทรุดโทรม และได้สร้างใหม่ในบริเวณใกล้เคียง ห่างจากที่เดิมไปทางทิศเหนือประมาณ 100 เมตร (คือที่ว่าการอำเภอในปัจจุบัน) และได้รื้อหลังเก่าออก เพื่อใช้เป็นที่สร้างบ้านพักของข้าราชการ ดังปัจจุบัน คือ บางปะหัน เป็นชื่อเก่าแก่ของหมู่บ้าน ได้เปลี่ยนชื่ออำเภอตามชื่อดังกล่าวข้างต้น พ.ศ. 2536 อำเภอได้รับงบประมาณจากกรมการปกครองให้สร้างที่ว่าการอำเภอหลังใหม่ในที่เดิม[2]

• วันที่ 29 เมษายน 2460 เปลี่ยนแปลงชื่ออำเภอนครใน จังหวัดกรุงเก่า เป็น อำเภอบางปะหัน[1]
• วันที่ 15 พฤษภาคม 2482 โอนพื้นที่หมู่ 1 (ในขณะนั้น) ของตำบลบางนางร้า ไปขึ้นกับตำบลทับน้ำ กับโอนพื้นที่หมู่ 2 (ในขณะนั้น) ของตำบลบางนางร้า ไปขึ้นกับตำบลบ้านลี่ และโอนพื้นที่หมู่ 1 (ในขณะนั้น) ของตำบลหันสัง ไปขึ้นกับตำบลตานิม[3]
• วันที่ 10 มิถุนายน 2490 ตั้งตำบลขยาย แยกออกจากตำบลบางเดื่อ และตำบลโพธิ์สามต้น ตั้งตำบลบ้านลี่ แยกออกจากตำบลขวัญเมือง ตั้งตำบลบ้านม้า แยกออกจากตำบลทับน้ำ ตั้งตำบลตานิม แยกออกจากตำบลบางนางร้า ตั้งตำบลทางกลาง แยกออกจากตำบลเสาธง ตั้งตำบลตาลเอน แยกออกจากตำบลบ้านขล้อ ตั้งตำบลบางเพลิง แยกออกจากตำบลบ้านขล้อ และตำบลเสาธง[4]
• วันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2496 โอนพื้นที่หมู่ 8 (ในขณะนั้น) ของตำบลบางปะหัน ไปขึ้นกับตำบลเสาธง กับโอนพื้นที่หมู่ 1 (ในขณะนั้น) ของตำบลตาลเอน ไปขึ้นกับตำบลบ้านขล้อ และโอนพื้นที่หมู่ 4 (ในขณะนั้น) ของตำบลขยาย ไปขึ้นกับตำบลบางเดื่อ[5]
• วันที่ 28 พฤศจิกายน 2499 จัดตั้งสุขาภิบาลบางปะหัน ในท้องที่บางส่วนของตำบลบางปะหัน ตำบลบางนางร้า และตำบลขวัญเมือง[6][7]
• วันที่ 1 มีนาคม 2501 จัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบลพุทเลา ในท้องที่ตำบลพุทเลา[8]
• วันที่ 3 พฤศจิกายน 2507 เปลี่ยนแปลงเขตสุขาภิบาลบางปะหัน[9] เพื่อความเหมาะสมในการบริหารกิจการและการทะนุบำรุงท้องถิ่น
• วันที่ 15 มิถุนายน 2519 โอนพื้นที่หมู่ 6 (ในขณะนั้น) ของตำบลขวัญเมือง ไปตั้งเป็นหมู่ 5 ของตำบลบ้านลี่[10]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะสุขาภิบาลบางปะหัน เป็น เทศบาลตำบลบางปะหัน[11] ด้วยผลของกฎหมาย
• วันที่ 1 กรกฎาคม 2547 ยุบสภาตำบลทางกลาง รวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลเสาธง ยุบสภาตำบลตาลเอน และสภาตำบลบางเพลิง รวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลบ้านขล้อ ยุบสภาตำบลบางนางร้า รวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลตานิม[12]
• วันที่ 15 กันยายน 2547 ยุบองค์การบริหารส่วนตำบลขวัญเมือง รวมกับเทศบาลตำบลบางปะหัน[13] ยุบสภาตำบลบ้านม้า รวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลทับน้ำ[14]
• วันที่ 11 กรกฎาคม 2548 ยุบองค์การบริหารส่วนตำบลขยาย รวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลโพธิ์สามต้น[15]