อำเภอบางสะพานเคยมีฐานะเป็นเมืองชั้นจัตวา ชื่อ เมืองกำเนิดนพคุณ บางครั้งที่มีศึกสงครามก็ต้องยุบเมือง ต่อมาได้รับการจัดตั้งเป็นอำเภอเมืองกำเนิดนพคุณ ขึ้นกับเมืองชุมพร (จังหวัดชุมพร) ต่อมาได้รวมกับอำเภอปราณบุรี จังหวัดเพชรบุรี และอำเภอประจวบคีรีขันธ์ จังหวัดเพชรบุรี ให้เป็นจังหวัดปราณบุรี ตั้งที่ตำบลเกาะหลัก[1] ทำให้อำเภอเมืองกำเนิดนพคุณ เป็นอำเภอหนึ่งของเมืองปราณบุรี (จังหวัด) ซึ่งภายหลังเปลี่ยนชื่อเป็นจังหวัดประจวบคีรีขันธ์[2] อำเภอกำเนิดนพคุณก็ยังขึ้นตรงกับจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ต่อมา