อำเภอบางเลนตั้งขึ้นเป็นอำเภอเมื่อ พ.ศ. 2439 แต่ดั้งเดิมนั้นไม่ได้ตั้งอยู่บริเวณที่ว่าการอำเภอปัจจุบัน ที่ว่าการอำเภอเดิมตั้งอยู่ที่บ้านบางไผ่นารถ ใกล้บริเวณวัดบางไผ่นารถ ตำบลบางไทรป่า ริมฝั่งตะวันออกของแม่น้ำท่าจีน ใช้ชื่อว่า อำเภอบางไผ่นารถ ต่อมาได้ย้ายที่ว่าการอำเภอไปตั้งอยู่ในเขตตำบลบางปลา ริมฝั่งตะวันตกของแม่น้ำท่าจีน ใช้ชื่อว่า อำเภอบางปลา ภายหลังอำเภอบางปลาแบ่งการปกครองเป็น 2 ตำบล คือ ตำบลบางปลาและตำบลบางเลน

ในปี พ.ศ. 2479 ได้ย้ายที่ตั้งอำเภอมาที่ตำบลบางเลน (อยู่บริเวณตลาดเก่าในปัจจุบัน) ปี พ.ศ. 2482 จึงเปลี่ยนชื่ออำเภอบางปลาเป็น อำเภอบางเลน[1] ครั้นถึง พ.ศ. 2521 หลวงพ่อกิติวุฒโทแห่งจิตตภาวันวิทยาลัยซื่งเป็นชาวบางเลน ได้มอบที่ดินมรดกของท่านไห้ทางราชการและได้บริจาคเงินก่อสร้างที่ว่าการอำเภอ จึงได้ย้ายที่ว่าการอำเภอจากริมฝั่งตะวันตกของแม่น้ำท่าจีน มาตั้งอยู่ริมถนนพลดำริห์ ในท้องที่หมู่ที่ 8 ตำบลบางเลน จนกระทั่งปัจจุบัน

ส่วนนี้หลังตั้งแต่ พ.ศ. 2499 ถึงปัจจุบัน (รายปี)

• วันที่ 10 มิถุนายน 2490 ตั้งตำบลขุนศรี แยกออกจากตำบลบางภาษี และตำบลลำพญา ตั้งตำบลดอนตูม แยกออกจากตำบลบางเลน และตำบลบางปลา ตั้งตำบลหินมูล แยกออกจากตำบลบางไทรป่า ตำบลดอนข่อย ตำบลบางเลน และตำบลบางหลวง ตั้งตำบลนราภิรมย์ แยกออกจากตำบลลำพญา และตำบลบางระกำ[2]
• วันที่ 18 กรกฎาคม 2499 จัดตั้งสุขาภิบาลบางหลวง ในท้องที่บางส่วนของตำบลบางหลวง[3]
• วันที่ 17 มีนาคม 2502 จัดตั้งสุขาภิบาลบางเลน ในท้องที่บางส่วนของตำบลบางเลนและตำบลบางไทรป่า[4]
• วันที่ 2 พฤษภาคม 2502 ได้โอนพื้นที่ตำบลขุนศรี อำเภอบางเลน ไปขึ้นกับอำเภอไทรน้อย จังหวัดนนทบุรี[5]
• วันที่ 9 กันยายน 2502 เปลี่ยนแปลงพื้นที่ ตำบลสระสี่มุม ตำบลกระตีบ และบางส่วนของตำบลดอนข่อย (หมู่ 1-4, 6-10 ในขณะนั้น) ของอำเภอบางเลน ไปขึ้นกับอำเภอกำแพงแสน[6]
• วันที่ 16 ธันวาคม 2502 เปลี่ยนแปลงพื้นที่ตำบลดอนข่อย โดยท้องที่หมู่ 5 (ในขณะนั้น) ของอำเภอกำแพงแสน มาขึ้นกับตำบลหินมูล อำเภอบางเลน[7]
• วันที่ 20 กรกฎาคม 2505 จัดตั้งสุขาภิบาลรางกระทุ่ม ในท้องที่บางส่วนของตำบลบางภาษี[8]
• วันที่ 20 กรกฎาคม 2505 จัดตั้งสุขาภิบาลลำพญา ในท้องที่บางส่วนของตำบลลำพญา[9]
• วันที่ 20 ธันวาคม 2505 ตั้งตำบลไทรงาม แยกออกจากตำบลบางไทรป่า[10]
• วันที่ 24 พฤศจิกายน 2507 ตั้งตำบลนิลเพชร แยกออกจากตำบลบัวปากท่า และ ตั้งตำบลคลองนกกระทุง แยกออกจากตำบลบางภาษี[11]
• วันที่ 1 กรกฎาคม 2520 ตั้งตำบลไผ่หูช้าง แยกออกจากตำบลหินมูล[12]
• วันที่ 21 กรกฎาคม 2526 ขยายเขตสุขาภิบาลบางเลนให้ครอบคลุมพื้นที่เพิ่มขึ้น[13]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลบางเลน สุขาภิบาลบางหลวง สุขาภิบาลรางกระทุ่ม และสุขาภิบาลลำพญา เป็นเทศบาลตำบลบางเลน เทศบาลตำบลบางหลวง เทศบาลตำบลรางกระทุ่ม และเทศบาลตำบลลำพญาตามลำดับ
• วันที่ 15 กันยายน 2554 ได้แยกพื้นที่บางส่วนของหมู่ที่ 4, 5, 12 ตำบลบางภาษี ขององค์การบริหารส่วนตำบลบางภาษี ไปรวมกับท้องที่เทศบาลตำบลรางกระทุ่ม และพื้นที่บางส่วนของหมู่ที่ 6, 12 ตำบลบางภาษี ในเขตเทศบาลตำบลรางกระทุ่ม ไปรวมกับท้องที่องค์การบริหารส่วนตำบลบางภาษี[14] และเปลี่ยนแปลงเขตเทศบาลตำบลรางกระทุ่ม[15]