ในอดีตท้องที่ของอำเภอบางเสาธงเป็นพื้นที่น้ำทะเลท่วมถึงมาก่อน เป็นที่อยู่อาศัยของจระเข้น้ำเค็มจำนวนมาก ทำให้ขุดพบโครงกระดูกและส่วนหัวอยู่เป็นเนืองนิตย์ จึงมีเรียกการคลองที่มีจระเข้ชุกชุมว่า "คลองจรเข้" ภายหลังจึงได้เป็นชื่อของตำบลคือ ตำบลจรเข้ แล้วมาแยกเป็นตำบลศีรษะจรเข้น้อย[1] และตำบลศีรษะจรเข้ใหญ่[2] ส่วนคำว่า "บางเสาธง" นั้นมีที่มาจากการทำเกษตรกรรม ในอดีตนั้นจะใช้ธงเป็นการบอกเวลาพักและยังใช้เป็นแนวของลำน้ำในการสัญจรอีกด้วย[3]