บึงโขงหลงได้รับการยกฐานะขึ้นเป็น กิ่งอำเภอบึงโขงหลง เมื่อวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2529 และยกฐานะขึ้นเป็น อำเภอบึงโขงหลง เมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน พ.ศ. 2536 มีพื้นที่ส่วนหนึ่งติดแม่น้ำโขง แต่เดิมเป็นอำเภออยู่ในเขตการปกครองของจังหวัดหนองคาย หลังจากพระราชบัญญัติตั้งจังหวัดบึงกาฬ พ.ศ. 2554 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 128 ตอนที่ 18 ก เมื่อวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2554 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 23 มีนาคม พ.ศ. 2554 แยกพื้นที่ 8 อำเภอได้แก่ บึงกาฬ เซกา โซ่พิสัย บุ่งคล้า บึงโขงหลง ปากคาด พรเจริญ และศรีวิไล ออกจากการปกครองของจังหวัดหนองคายรวมตั้งขึ้นเป็นจังหวัดบึงกาฬ อำเภอบึงโขงหลงจึงกลายเป็น 1 ใน 8 อำเภอของจังหวัดบึงกาฬตั้งแต่บัดนั้นมา