อำเภอบุณฑริกก่อนยกฐานะเป็นกิ่งอำเภอ เป็นชุมชนเล็ก ๆ เรียกว่า เมืองบัว

เมื่อปี พ.ศ. 2390 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงโปรดเกล้าให้ยกบ้าน "ดงกระชุ" (บ้านไร่) ขึ้นเป็น "เมืองบัว" ขึ้นตรงต่อนครจำปาศักดิ์  โดยมีพระอภัยเป็นเจ้าเมืองปกครอง เมื่อพระอภัยถึงแก่อนิจกรรม ได้แต่งตั้งให้นายใสเป็นเจ้าเมือง ได้เลื่อนบรรดาศักดิ์เป็น "หลวงบุณฑริกเขตตานุรักษ์" ราวปี พ.ศ. 2402

ต่อมารัชกาลพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ระหว่างปี พ.ศ. 2443-2445 มีการปรับปรุงการปกครองส่วนภูมิภาคครั้งใหญ่ เมืองบัวยังคงขึ้นกับนครจำปาศักดิ์ มณฑลอุบลราชธานี เช่นเดิม ในปี พ.ศ. 2446 ไทยเสียดินแดนจำปาศักดิ์ให้กับฝรั่งเศส จึงได้โอนเมืองบัว มาขึ้นกับอำเภอเดชอุดม จังหวัดขุขันธ์  จนถึงปี พ.ศ. 2452 ได้เปลี่ยนชื่อเป็นอำเภอบัวบุณฑริก

28 กรกฎาคม รศ.131 (พ.ศ. 2455) ราชกิจจานุเบกษา แจ้งความกระทรวงมหาดไทย เรื่อง เลิกและยุบอำเภอต่างๆ ในมณฑลอุบลลงเป็นกิ่งอำเภอ โดยมีการยุบอำเภอบัวบุณฑริก ลงเป็นกิ่งอำเภอไปขึ้นกับอำเภอเดชอุดม จังหวัดขุขันธ์ เรียกว่า “กิ่งบัวบุณฑริก”

วันที่ 29 เมษายน 2460 ราชกิจจานุเบกษา ประกาศเรื่องเปลี่ยนชื่ออำเภอ  โดยประกาศเปลี่ยนชื่อ กิ่งบัวบุณฑริก  จังหวัดขุขันธ์  เป็น “กิ่งโพนงาม”

23 ธันวาคม 2471 กระทรวงมหาดไทย มีประกาศโอนกิ่งอำเภอโพนงามไปขึ้นจังหวัดอุบลราชธานี โดยประกาศให้ท้องที่อำเภอเดชอุดมและกิ่งอำเภอโพนงาม จังหวัดขุขันธ์  ซึ่งมีระยะทางห่างไกลจากจากที่ตั้งบัญชาการจังหวัด เป็นการลำบากและเดือดร้อนแก่ผู้มีกิจธุระซึ่งต้องไปมายังที่ตั้งบัญชาการจังหวัดขุขันธ์  แต่อยู่ใกล้ไปทางจังหวัดอุบลราชธานี  ไม่สะดวกแก่การปกครอง  จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้โอนการปกครองอำเภอเดชอุดมและกิ่งอำเภอโพนงาม จากจังหวัดขุขันธ์ ไปขึ้นกับจังหวัดอุบลราชธานี

จากนั้นในท้องที่กิ่งอำเภอบุณฑริก มีชุมชุมชนและการค้าหนาแน่น และมีสภาพเจริญขึ้นกว่าเดิมมาก เพื่อประโยชน์ในการปกครองและอำนวยความสะดวกให้แก่ราษฎรและส่งเสริมท้องที่ให้เจริญยิ่งขึ้น จนกระทั่งในวันที่ 22 กรกฎาคม 2501 ได้มีพระราชกฤษฎีกาตั้งกิ่งอำเภอบุณฑริก อำเภอเดชอุดม จังหวัดอุบลราชธานี ขึ้นเป็น “อำเภอบุณฑริก”  ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา