ท้องที่อำเภอบ้านคาเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอสวนผึ้ง ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอบ้านคา ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2540 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม ปีเดียวกัน และต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกายกฐานะขึ้นเป็น อำเภอบ้านคา ในวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 โดยมีผลบังคับในอีก 15 วันต่อมา