ท้องที่อำเภอบ้านตาขุนเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอคีรีรัฐนิคม ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอบ้านตาขุน ประกอบด้วยตำบลไกรสร[1] ตำบลเขาวง ตำบลเขาพัง ตำบลพะแสง ตำบลพรุไทย ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ. 2516 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 20 กรกฎาคม ปีเดียวกัน[2] และยกเป็นอำเภอบ้านตาขุน ตามประกาศประกาศกระทรวงมหาดไทย วันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ. 2519 โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[3]