อำเภอบ้านนาเดิมตั้งอยู่ทางตอนกลาง ค่อนไปทางทิศตะวันออกของจังหวัดมีแม่น้ำสายสำคัญคือแม่น้ำตาปี คลองยา และคลองลำพูนไหลผ่านนำความอุดมสมบูรณ์ของแร่ธาตุสำคัญต่อเศรษฐกิจและด้านการเกษตร อำเภอบ้านนาเดิม เป็นอำเภอหนึ่งของจังหวัดสุราษฎร์ธานี ซึ่งสามารถพัฒนาได้ดีเนื่องจากมีพื้นที่ติดต่อกับอำเภอต่างๆและจังหวัดสำคัญของภาคใต้มีความสะดวกด้านคมนาคมทั้งทางเรือ ทางอากาศ ทางรถไฟ ทางบกมีทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 41 (ทางหลวงสายเอเซีย A–2) จากชุมพรถึงสุไหงโก-ลกต่อไปยังมาเลเซีย สิงคโปร์ อินโดนีเซีย มีถนนที่ทันสมัยคือทางหลวงสายเลขที่ 44 เรียกว่าสะพานเศรษฐกิจโครงการพัฒนาพื้นที่ชายฝั่งทะเลภาคใต้ (Southern Sea Board) เป็นถนนเชื่อมระหว่างชายฝั่งทะเลตะวันออกอ่าวไทยกับชายฝั่งตะวันตกทะเลอันดามัน เริ่มจากจังหวัดกระบี่ผ่านอำเภออ่าวลึก อำเภอปลายพระยาเข้าเขตจังหวัดสุราษฎร์ธานีที่ตำบลบางสวรรค์ อำเภอพระแสง อำเภอเคียนซา อำเภอบ้านนาเดิม อำเภอเมืองสุราษฎร์ธานี อำเภอกาญจนดิษฐ์ มีจุดตัดกับถนนทางหลวงสายเลขที่ 41 (ทางหลวงสายเอเซีย A–18) ถนนเชื่อมกันติดต่อได้ ทั้งคาบสมุทรภาคใต้ จุดตัดอยู่ในตำบลท่าเรือ จุดตัดกับเส้นทางรถไฟสายใต้ที่บ้านเขาพลู ตำบลนาใต้

อาณาเขตติดต่อ

• ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอพุนพินและอำเภอเมืองสุราษฎร์ธานี
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอเมืองสุราษฎร์ธานีและอำเภอบ้านนาสาร
• ทิศใต้ ติดต่อกับอำเภอบ้านนาสารและอำเภอเคียนซา
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับอำเภอเคียนซาและอำเภอพุนพิน