เดิมชื่อบ้านแท่น สันนิษฐานว่า ได้ชื่อมาจากพระแท่น ที่เป็นพระพุทธรูปคู่บ้านพระแท่นบัลลังก์จะสร้างขึ้นเมื่อใดไม่มีประวัติพอที่จะค้นได้ ผู้สูงอายุเล่าว่าบริเวณที่พระแท่นประดิษฐานอยู่นี้ เป็นป่าไม้หนา มีเถาวัลย์ปกคลุมหนาทึบ ปู่ ย่า ตา ทวด ในสมัยนั้นนับถือว่าเป็นพระภูมิเจ้าที่ศักดิ์สิทธิ์ พอถึงเดือน 5 เดือน 6 ทุกๆปีจะพาลูกหลานนำน้ำอบน้ำหอมมาสรงและบนบานศาลกล่าวขจัดปัดเป่าภยันอันตรายต่าง ๆให้ประชาชนในหมู่บ้านอยู่เป็นสุข เมื่อประมาณปีพ.ศ. 2473 ขุนสาหร่าย เจ้าหน้าที่ปราบปรามจากอำเภอภูเขียวได้มาปราบปรามผู้ร้าย และติดตามโจรซึ่งหนีไปซ่อนตัวอยู่ในบริเวณที่พบพระแท่นเห็นพระแท่นซึ่งเป็นวัตถุโบราณตั้งอยู่ในที่ไม่เหมาะสมจึงพาราษฎรย้ายพระแท่นเข้าไปไว้ในวัดบัลลังก์จึงเกิดอาเพท เล่ากันว่าสัตว์ป่า เก้ง กวาง ลิงลม ชะนี วิ่งเข้ามาสู่หมู่บ้านประชาชนเกิดโรคระบาดจึงไปปรึกษาพระครูถาวรสีลวัฒน์ เจ้าคณะอำเภอภูเขียว ท่านแนะนำว่าให้นำพระแท่นบัลลังก์กลับมาไว้ที่เดิม ซึ่งเป็นที่ประดิษฐานในปัจจุบันนี้ เหตุอาเพทดังกล่าวจึงหายไป บ้านแท่นในอดีตอยู่ในเขตตำบลบ้านมอญ อำเภอภูเขียว ต่อมาได้ไปอยู่ในเขตตำบลสามสวนและมาตั้งตำบลบ้านแท่น มีผู้ปกครองระดับหมู่บ้านมาแล้ว 17 คน และผู้ปกครองระดับหมู่บ้านคนแรกได้แก่ หลวงทิพยเนตร บ้านแท่นได้รับการยกฐานะเป็นกิ่งอำเภอ เมื่อปี พ.ศ. 2508 โดยขอแยกพี้นที่ 3 ตำบลจากการปกครองของอำเภอภูเขียว คือ ตำบลสามสวน ตำบลบ้านเต่า และตำบลบ้านแท่นต่อมาเมื่อปีพ.ศ. 2512 ได้แยกการปกครองออกอีก 1 ตำบลคือตำบลสระพัง ในปีเดียวกันนั้นเองก็ได้ยกฐานะจากกิ่งอำเภอเป็น "อำเภอบ้านแท่น" และในปี พ.ศ. 2515 ตำบลบ้านเต่าได้แยกการปกครองออกเป็นอีก 1 ตำบล คือตำบลหนองคู จนถึงปัจจุบันนี้ รวม5 ตำบล 66 หมู่บ้าน อำเภอบ้านแท่นมีนายอำเภอมาแล้ว 20 คน คนปัจจุบันคือ นายเสวก พุทธรักษา มาดำรงตำแหน่งเมื่อ 28 กันยายน 2550 จนถึงปัจจุบันนี้