อำเภอบ้านไร่ เป็นพื้นที่ที่มีความอุดมสมบูรณ์ ในสมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นพื้นที่ที่มีผลกระวาน มูลค้างคาว และช้างป่า และได้จัดส่งไปยังเมืองหลวงมาจนถึงยุคกรุงรัตนโกสินทร์ ท้องที่อำเภอบ้านไร่เดิมเป็นด่านสำตัญในสมัยกรุงศรีอยุธยา มีนายด่านชื่อพระอินทร์ ด่านหนองหลวง ได้ปรากฏในพงศาวดารว่า สมเด็จพระนเรศวรมหาราชยกกองทัพติดตามกองทัพพระเจ้าหงสาวดี ไปจนถึงหนองหลวงแล้วกลับคืนพระนคร

ในปี พ.ศ. 2440 ได้มีการจัดรูปแบบการปกครองแบบเทศาภิบาลเมืองอุทัยธานี ซึ่งขึ้นอยู่กับมณฑลนครสวรรค์ และแบ่งการปกครองออกเป็น 4 แขวง คือ แขวงอุทัยเก่า แขวงหนองหลวง แขวงแม่กลอง แขวงหนองกระดี่ ต่อมาในปี พ.ศ. 2442 ได้เพิ่มเขตการปกครองขึ้นอีก 2 แขวง คือ แขวงในเมือง และแขวงหนองหลวง ต่อมาในปี พ.ศ. 2454 ได้แบ่งแขวงแม่กลอง และแขวงหนองหลวงใหม่ โดยแบ่งตำบลละมูล ตำบลโมโกร ตำบลอุ้มผาง ตำบลหนองหลวง ตำบลแม่จัน  ตำบลแม่กลอง เป็นแขวงแม่กลอง ขึ้นอยู่กับเมืองกำแพงเพชร และให้ตำบลคอกควายเหนือ ตำบลคอกควายใต้ ตำบลแก่นมะกรูด ตำบลลานสัก เป็นแขวงหนองหลวง  ขึ้นอยู่กับเมืองอุทัย จึงเหลือ 5 แขวง คือ แขวงในเมือง แขวงอุทัยเก่า แขวงหนองพลวง แขวงทัพทัน แขวงหนองหลวง ขึ้นอยู่กับเมืองอุทัย[1]

ในปี พ.ศ. 2460 แขวงหนองหลวงได้ย้ายที่ทำการแขวงมาตั้งที่บ้านหนองหลวง และได้เปลี่ยนชื่อมาเป็นอำเภอลานสัก  ประกอบด้วย 3 ตำบล คือ ตำบลคอกควาย ตำบลลานสัก ตำบลแก่นมะกรูด ต่อมาในปี พ.ศ. 2468 ได้มีการโอนกิ่งอำเภอห้วยแห้ง อำเภอบ้านเชี่ยน จังหวัดชัยนาท มารวมกับอำเภอคอกควาย และได้ย้ายที่ทำการอำเภอมาไว้ที่ตำบลบ้านไร่ และได้เปลี่ยนชื่อใหม่ เป็นอำเภอบ้านไร่ สืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน[2]

• วันที่ 30 กันยายน 2490 ตั้งตำบลบ้านไร่ แยกออกจากตำบลทัพหลวง และตำบลห้วยแห้ง ตั้งตำบลห้วยคต แยกออกจากตำบลวังหิน[3]
• วันที่ 7 มกราคม 2500 จัดตั้งสุขาภิบาลบ้านไร่ ในท้องที่บางส่วนของตำบลบ้านไร่[4]
• วันที่ 17 สิงหาคม 2514 ตั้งตำบลประดู่ยืน แยกออกจากตำบลลานสัก[5]
• วันที่ 14 ตุลาคม 2518 แยกพื้นที่ตำบลลานสัก และตำบลประดู่ยืน อำเภอบ้านไร่ มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอลานสัก ขึ้นกับอำเภอบ้านไร่[6]
• วันที่ 31 ตุลาคม 2521 ตั้งตำบลป่าอ้อ แยกออกจากตำบลลานสัก และตำบลประดู่ยืน[7]
• วันที่ 25 กันยายน 2522 ตั้งตำบลสุขฤทัย แยกออกจากตำบลห้วยคต[8]
• วันที่ 13 กรกฎาคม 2524 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอลานสัก อำเภอบ้านไร่ เป็น อำเภอลานสัก[9]
• วันที่ 17 กรกฎาคม 2525 ตั้งตำบลหนองจอก แยกออกจากตำบลทัพหลวง[10]
• วันที่ 12 กรกฎาคม 2526 ตั้งตำบลเมืองการุ้ง แยกออกจากตำบลวังหิน[11]
• วันที่ 5 มิถุนายน 2527 ตั้งตำบลทองหลาง แยกออกจากตำบลคอกควาย และตำบลห้วยคต[12]
• วันที่ 21 สิงหาคม 2527 แยกพื้นที่ตำบลห้วยคต ตำบลสุขฤทัย และตำบลทองหลาง อำเภอบ้านไร่ มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอห้วยคต ขึ้นกับอำเภอบ้านไร่[13]
• วันที่ 1 มิถุนายน 2528 จัดตั้งสุขาภิบาลเมืองการุ้ง ในท้องที่บางส่วนของตำบลวังหิน[14]
• วันที่ 12 ธันวาคม 2529 ตั้งตำบลหูช้าง แยกออกจากตำบลทัพหลวง[15]
• วันที่ 31 สิงหาคม 2531 ตั้งตำบลบ้านบึง แยกออกจากตำบลบ้านไร่[16] และรับพื้นที่สุขาภิบาลบ้านไร่ ในท้องที่หมู่ที่ 1 บ้านบึง ตำบลบ้านบึง (หมู่ที่ 4 ของสุขาภิบาลบ้านไร่ ตำบลบ้านไร่)
• วันที่ 18 ตุลาคม 2532 ตั้งตำบลบ้านใหม่คลองเคียน แยกออกจากตำบลวังหิน[17]
• วันที่ 29 กรกฎาคม 2534 ตั้งตำบลหนองบ่มกล้วย แยกออกจากตำบลหนองจอก[18]
• วันที่ 27 ตุลาคม 2536 ตั้งตำบลเจ้าวัด แยกออกจากตำบลห้วยแห้ง[19]
• วันที่ 3 พฤศจิกายน 2536 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอห้วยคต อำเภอบ้านไร่ เป็น อำเภอห้วยคต[20]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลบ้านไร่ และสุขาภิบาลเมืองการุ้ง เป็นเทศบาลตำบลบ้านไร่ และเทศบาลตำบลเมืองการุ้ง ตามลำดับ
• วันที่ 24 กันยายน 2547 ยุบสภาตำบลแก่นมะกรูด รวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลบ้านไร่[21]