อำเภอปรางค์กู่ มีพื้นที่ทั่วไปเป็นที่ราบลุ่ม ไม่มีภูเขาพื้นดินส่วนใหญ่เหมาะแก่การทำนาลักษณะดินเป็นดินปนทราย ไม่มีแม่น้ำไหลผ่านมีเพียงลำห้วย และ หนองเท่านั้น ลำห้วยที่สำคัญคือ

• ลำห้วยสำราญเป็นลำห้วยที่สำคัญที่สุดของอำเภอ ไหลจากท้องที่อำเภอขุขันธ์ เข้าสู่อำเภอปรางค์กู่
• ลำห้วยเสนเป็นลำห้วยที่ไหลจากอำเภอสังขละ จังหวัดสุรินทร์ สู่อำเภอปรางค์กู่ที่บ้านกะดึ ตำบลกู่ ไหลผ่านตำบลสวาย และออกทางอำเภอห้วยทับทัน
• ลำห้วยฆ้อง เป็นลำห้วยที่ไหลมาจากท้องที่อำเภอขุขันธ์ไหลสู่อำเภอปรางค์กู่ที่บ้านกอกหวาน ตำบลโพธิ์ศรี ผ่านตำบลพิมาย ตำบลตูมเป็นลำห้วยที่ไหลผ่านใจกลางของอำเภอปรางค์กู่เป็นที่น่าสังเกตว่าลำห้วยทุกลำห้วยจะไหลจากทิศใต้ไปทางทิศเหนือของอำเภอเสมอ