"ปากพะยูน" หรือที่เรียกกันติดปากว่า "ปากยูน" เป็นอำเภอเก่าแก่ ที่ตั้งขึ้นในยุคแรกของการเปลี่ยนแปลงการปกครองจากระบบจตุสดมภ์ หรือ ระบบกินเมือง เป็นระบบมณฑลเทศาภิบาล การเป็นอยู่ของประชากร เดิมทีมีประชากรอาศัยอยู่น้อยมาก แต่เนื่องจากอุดมสมบูรณ์ด้วยปลาในทะเลจำนวนมากทำให้ต่อมาเมื่อประชาชนเข้ามาอาศัยจับสัตว์น้ำได้รับผลประโยชน์อย่างมากทำให้ประชาชนจากถิ่นต่างๆ ก็เริ่มอพยพเข้ามาตั้งบ้านเรือนตามริมฝั่งทะเลสาบมากขึ้น เมื่อมีประชากรเพิ่มขึ้นมากแล้ว เจ้าเมืองพัทลุงจึงตั้งหัวหน้าคอยควบคุมดูแล เรียกว่า "หัวเมือง" มีหน้าที่ปกครองระงับทุกข์บำรุงสุขแก่ประชาชนในเขตนี้ ทั้งมีหน้าที่เป็นนายด่านตรวจคนเข้าออกระหว่างเมืองพัทลุงกับเมืองสงขลา

ต่อมา ในปี พ.ศ. 2439 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงตั้งมณฑลนครศรีธรรมราชขึ้น ประกอบด้วย เมืองนครศรีธรรมราช เมืองสงขลา เมืองพัทลุง และหัวเมืองแขก 7 หัวเมือง ซึ่งเมืองพัทลุงได้แบ่งการปกครองออกเป็น 3 อำเภอ คือ อำเภอกลางเมือง อำเภออุดร และอำเภอทักษิณ

• วันที่ - 2435 ยกฐานะตำบลรัตตภูมิ อำเภอทักษิณ ขึ้นเป็น กิ่งอำเภอรัตภูมิ ขึ้นกับอำเภอทักษิณ และโอนไปขึ้นกับจังหวัดสงขลา
• วันที่ - 2477 โอนพื้นที่ตำบลคูหาใต้ ตำบลกำแพงเพชร และตำบลท่าชะมวง อำเภอปากพะยูน ไปขึ้นกับอำเภอรัตภูมิ จังหวัดสงขลา
• วันที่ 25 กันยายน 2482 เปลี่ยนแปลงชื่อตำบลหนองจีน อำเภอปากพะยูน เป็น ตำบลโคกทราย[8]
• วันที่ 6 พฤศจิกายน 2482 โอนพื้นที่ตำบลท่ามะเดื่อ และตำบลจองถนน อำเภอปากพะยูน ไปขึ้นกับกิ่งอำเภอลำปำ[5]
• วันที่ 29 กรกฎาคม 2490 ตั้งตำบลเกาะนางคำ แยกออกจากตำบลเกาะหมาก ตั้งตำบลฝาละมี แยกออกจากตำบลปากพะยูน และตำบลป่าบอน ตั้งตำบลห้วยลึก แยกออกจากตำบลปากพะยูน และตำบลโคกทราย[9]
• วันที่ 14 เมษายน 2496 เปลี่ยนแปลงชื่อตำบลห้วยลึก อำเภอปากพะยูน เป็น ตำบลดอนประดู่[10]
• วันที่ 17 กันยายน 2498 จัดตั้งสุขาภิบาลปากพะยูน ในท้องที่บางส่วนของตำบลปากพะยูน[11]
• วันที่ 6 ธันวาคม 2498 โอนพื้นที่หมู่ 4 (ในขณะนั้น) ของตำบลตะโหมด ไปขึ้นกับตำบลป่าบอน และโอนพื้นที่หมู่ 1 (ในขณะนั้น) ของตำบลนาปะขอ ไปขึ้นกับตำบลฝาละมี[12]
• วันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2499 โอนพื้นที่ตำบลนาปะขอ และตำบลตะโหมด อำเภอปากพะยูน ไปขึ้นกับอำเภอเขาชัยสน[4]
• วันที่ 25 กันยายน 2522 ตั้งตำบลหนองธง แยกออกจากตำบลโคกทราย และตำบลป่าบอน[13]
• วันที่ 23 กันยายน 2523 ตั้งตำบลหารเทา แยกออกจากตำบลฝาละมี[14]
• วันที่ 26 เมษายน 2526 แยกพื้นที่ตำบลป่าบอน ตำบลหนองธง และตำบลโคกทราย อำเภอปากพะยูน มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอป่าบอน ขึ้นกับอำเภอปากพะยูน[6]
• วันที่ 20 กันยายน 2526 โอนพื้นที่หมู่ 1,2,3,4 (ในขณะนั้น) ของตำบลโคกทราย กิ่งอำเภอป่าบอน อำเภอปากพะยูน มาตั้งเป็นหมู่ที่ 12,13,14,15 ของตำบลดอนประดู่ อำเภอปากพะยูน[15]
• วันที่ 23 มิถุนายน 2530 ตั้งตำบลทุ่งนารี แยกออกจากตำบลหนองธง[16]
• วันที่ 21 พฤษภาคม 2533 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอป่าบอน อำเภอปากพะยูน เป็น อำเภอป่าบอน[7]
• วันที่ 7 กันยายน 2533 ตั้งตำบลดอนทราย แยกออกจากตำบลดอนประดู่[17]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลปากพะยูน เป็นเทศบาลตำบลปากพะยูน[18] ด้วยผลของกฎหมาย