ท้องที่อำเภอปางมะผ้า เดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองของอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอนออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอปางมะผ้า[3] ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2530 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 9 เมษายน ปีเดียวกัน และให้ขึ้นการปกครองกับอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน

และต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกายกฐานะขึ้นเป็น อำเภอปางมะผ้า ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2539 โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 20 พฤศจิกายน ปีเดียวกัน[2]

• วันที่ 9 เมษายน 2530 แยกพื้นที่ตำบลสบป่อง และตำบลปางมะผ้า อำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอปางมะผ้า[3] และให้ขึ้นการปกครองกับอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน
• วันที่ 15 กันยายน 2532 ตั้งตำบลถ้ำลอด แยกออกจากตำบลสบป่อง และตั้งตำบลนาปู่ป้อม แยกออกจากตำบลปางมะผ้า[4]
• วันที่ 20 พฤศจิกายน 2539 ยกฐานะกิ่งอำเภอปางมะผ้า อำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน เป็น อำเภอปางมะผ้า[2]