สมัยการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช (พระยศในขณะนั้น : พระยาวชิรปราการ) ทรงนำทหารในบังคับบัญชาตีฝ่าวงล้อมทหารพม่าออกจากกรุงศรีอยุธยา ได้กวาดต้อนครัวเรือนรายทางมาตั้งเมืองและค่ายทหารชั่วคราวที่เมืองโป่งตามุข เป็นเมืองควบคุมหัวเมืองชายทะเล มีเจ้าเมือง ศาลและเรือนจำ สำหรับใช้เป็นที่ปกครองชำระคดีความ (ปัจจุบันตัวเมืองตั้งอยู่บริเวณวัดโป่งตามุข ตำบลหนองหงษ์ อำเภอพานทอง) สมัยนั้นมีพรานป่าคนหนึ่งชื่อทองเป็นชาวกรุงศรีอยุธยา ได้อพยพครอบครัวและญาติพี่น้องหนีพม่ามาตั้งภูมิลำเนาทำมาหากินเลี้ยงชีพในทางล่าสัตว์อยู่ที่หมู่บ้านริมคลองซึ่งแยกจากคลองบางปะกง (ปัจจุบันเรียกคลองพานทอง,ระหว่างตำบลบ้านเก่ากับตำบลบางนาง) นายพรานทองได้ทำหน้าที่เป็นจารชนสืบข่าวของข้าศึกให้พระยาวชิรปราการและได้รวบรวมกำลังกู้เอกราชเมื่อเสร็จศึกสงคราม นายพรานทองจึงได้สร้างวัดขึ้นห่างจากหมู่บ้านของตนไปทางทิศตะวันออกประมาณ 5 กิโลเมตร ณ ริมคลองสายเดียวกัน ชื่อว่า "วัดพรานทอง" นัยว่าเพื่อเป็นการล้างบาปที่ตนเองมีอาชีพพรานป่าและได้อพยพครอบครัวมาประกอบอาชีพเป็นหลักฐานอยู่ในบริเวณใกล้วัดพรานทอง ชาวบ้านจึงเรียกหมู่บ้านนี้ว่า "บ้านพรานทอง" และเรียกคลองซึ่งแยกจากคลองบางปะกงว่า "คลองพรานทอง" แต่ด้วยเหตุที่ชาวบ้านออกเสียงควบกล้ำ ร. ไม่ชัดเจน ฉะนั้นคำว่า "วัดพรานทอง" "บ้านพรานทอง" และ "คลองพรานทอง" ได้เพี้ยนเป็น "วัดพานทอง" "บ้านพานทอง" และ "คลองพานทอง" ดังในปัจจุบัน

พ.ศ. 2371 รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวมีพระบรมราชานุญาตให้กลุ่มชาวลาวอาสาปากน้ำ จัดตั้งเมืองพนัสนิคม เป็นเมืองชั้นจัตวา สังกัดกรมท่า โดยบ้านท่าตะกูด บ้านพานทองและบ้านเก่าอยู่ในอาณาเขตเมืองพนัสนิคม ผลผลิตทางการเกษตรจากตลาดพนัสนิคมยุคแรกถูกขนส่งมาทางเรือในฤดูน้ำหลากมารวมกันที่บ้านท่าตะกูด อันเป็นท่าน้ำขนถ่ายสินค้าและการคมนาคมที่สำคัญของเมืองพนัสนิคม

พ.ศ. 2441 รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงมีการปฏิรูปการปกครองประเทศและจัดตั้งมณฑลเทศาภิบาล ให้เมืองพนัสนิคมเป็นอำเภอพนัสนิคมขึ้นกับเมืองชลบุรี มณฑลปราจีน และบ้านท่าตะกูดมีชุมชนและประชากรเพิ่มขึ้นจึงยกฐานะเป็นอำเภอเรียกชื่อว่าอำเภอท่าตะกูด ขึ้นกับเมืองชลบุรี มณฑลปราจีนบุรี แบ่งการปกครองออกเป็น 15 ตำบล ได้แก่ ตำบลบ้านมาบโป่ง[2][3] ตำบลบ้านเกาะลอย[4][5] ตำบลบ้านบางนาง[6][7] ตำบลตลาดควาย[8][9] ตำบลบ้านหน้าประดู่[10][11] ตำบลบ้านบางหัก[12][13] ตำบลบ้านเนินถ่อน[14][15] ตำบลบ้านบางพึ่ง[16][17] ตำบลบ้านหนองหงษ์[18] ตำบลบ้านพานทอง[19] ตำบลบ้านมอญ[20][21] ตำบลบ้านหนองกะขะ[22] ตำบลบ้านมาบกระบก[23] ตำบลหนองจับอึ่ง[24] และตำบลหนองตำลึง

ต่อมาได้มีการปรับเปลี่ยนการปกครองตำบลให้เหมาะสม โดยได้ยุบตำบลบ้านมาบกระบก และตำบลหนองจับอึ่ง รวมกับตำบลหนองตำลึง ยุบตำบลตลาดควาย และตำบลบ้านบางหัก รวมกับตำบลบ้านเกาะลอย ยุบตำบลบ้านเนินถ่อน และตำบลหน้าประดู่ รวมกับตำบลพานทอง และในปี พ.ศ. 2490 ก็ได้จัดตั้งตำบลบางหัก ที่เคยยุบรวมกับตำบลเกาะลอย และตั้งตำบลหน้าประดู่ ที่เคยยุบรวมกับตำบลพานทอง ขึ้นอีกครั้ง นอกจากนี้ยังแบ่งท้องที่บางส่วนของตำบลบางนาง มาจัดตั้งเป็น ตำบลบ้านเก่า[25] ทำให้ปัจจุบันอำเภอพานทอง มีเขตการปกครองทั้งหมด 11 ตำบล ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2490 เป็นต้นมา

• วันที่ 29 เมษายน 2460 เปลี่ยนแปลงชื่ออำเภอท่าตะกูด จังหวัดชลบุรี เป็น อำเภอพานทอง[1]
• วันที่ 28 พฤศจิกายน 2481 ตั้งตำบลหนองบอนแดง แยกออกจากตำบลหนองหงษ์ อำเภอพานทอง และตำบลหนองขยาด ตำบลหนองขวาง อำเภอพนัสนิคม และโอนไปขึ้นการปกครองกับกิ่งอำเภอบ้านบึง อำเภอเมืองชลบุรี กับโอนพื้นที่หมู่ 13 (ในขณะนั้น) ของตำบลหนองตำลึง อำเภอพานทอง ไปขึ้นกับตำบลมาบไผ่ กิ่งอำเภอบ้านบึง อำเภอเมืองชลบุรี[26]
• วันที่ 10 มิถุนายน 2490 ตั้งตำบลหน้าประดู่ แยกออกจากตำบลพานทอง ตั้งตำบลบางหัก แยกออกจากตำบลเกาะลอย ตั้งตำบลบ้านเก่า แยกออกจากตำบลบางนาง[25]
• วันที่ 3 สิงหาคม 2499 จัดตั้งสุขาภิบาลพานทอง ในท้องที่บางส่วนของตำบลพานทอง[27]
• วันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2520 จัดตั้งสุขาภิบาลหนองตำลึง ในท้องที่บางส่วนของตำบลมาบโป่ง ตำบลหนองกะขะ และตำบลหนองตำลึง[28]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลพานทอง และสุขาภิบาลหนองตำลึง เป็นเทศบาลตำบลพานทอง และเทศบาลตำบลหนองตำลึง ตามลำดับ[29] ด้วยผลของกฎหมาย
• วันที่ 15 กันยายน 2547 ยุบองค์การบริหารส่วนตำบลบางหัก รวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลเกาะลอย ยุบองค์การบริหารส่วนตำบลหนองกะขะ รวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลพานทอง[30] และยุบองค์การบริหารส่วนตำบลหนองตำลึง รวมกับเทศบาลตำบลหนองตำลึง[31]
• วันที่ 15 ตุลาคม 2557 เปลี่ยนแปลงชื่อองค์การบริหารส่วนตำบลพานทอง เป็น องค์การบริหารส่วนตำบลพานทองหนองกะขะ[32]
• วันที่ 27 สิงหาคม 2558 เปลี่ยนแปลงชื่อองค์การบริหารส่วนตำบลเกาะลอย เป็น องค์การบริหารส่วนตำบลเกาะลอยบางหัก[33]