อำเภอฟากท่า ตั้งขึ้นครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2480 โดยมีฐานะเป็น กิ่งอำเภอฟากท่า[1] ขึ้นกับอำเภอน้ำปาด ที่ตั้งกิ่งอำเภออยู่ที่หมู่ที่ 2 บ้านนาหน่ำ ตำบลฟากท่า ประชากรส่วนใหญ่อพยพมาจากหลวงพระบาง ภายใต้การนำของพญาปาด ได้มาตั้งถิ่นฐานทำมาหากินอยู่ที่บ้านสองคอน ริมแม่น้ำปาด ต่อมาเมื่อมีผู้คนมากขึ้นก็อพยพต่อลงมาทางใต้ สร้างเมืองใหม่ขึ้นที่ตำบลบ้านฝาย อำเภอน้ำปาด ซึ่งอยู่ริมแม่น้ำเช่นกัน แม่น้ำนี้จึงได้ชื่อว่า "น้ำปาด" ตามชื่อของพญาปาด ส่วนประชากรที่บ้านสองคอน เมื่อมีจำนวนเพิ่มขึ้นก็ขยายข้ามแม่น้ำไปฝั่งตรงข้าม เรียกว่า "ฟากท่า" ซึ่งหมายความว่า คนละฝั่ง

ในปี พ.ศ. 2485 ได้ย้ายที่ตั้งกิ่งอำเภอมาอยู่ที่บ้านวังขวัญ และได้มีพระราชกฤษฎีกายกฐานะขึ้นเป็น อำเภอฟากท่า[2] ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2501 โดยให้มีผลตั้งแต่วันที่ 22 กรกฎาคม ปีเดียวกัน ต่อมาในวันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2528 ที่ว่าการอำเภอฟากท่าหลังเดิม ได้ถูกเพลิงไหม้ จึงได้สร้างที่ว่าการอำเภอฟากท่าหลังใหม่ขึ้นมา เมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2530 และใช้ปฏิบัติราชการมาจนถึงปัจจุบัน

• วันที่ 29 พฤศจิกายน 2480 แยกพื้นที่ตำบลม่วงเจ็ดต้น ตำบลบ้านโคก ตำบลฟากท่า ตำบลสองคอน และตำบลบ้านเสี้ยว อำเภอน้ำปาด มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอฟากท่า[1] และให้ขึ้นการปกครองกับอำเภอน้ำปาด
• วันที่ 30 กันยายน 2490 ตั้งตำบลสองคอน แยกออกจากตำบลฟากท่า[3]
• วันที่ 15 ตุลาคม 2499 จัดตั้งสุขาภิบาลฟากท่า ในท้องที่บางส่วนของตำบลสองคอน และบางส่วนของตำบลฟากท่า[4]
• วันที่ 22 กรกฎาคม 2501 ยกฐานะกิ่งอำเภอฟากท่า อำเภอน้ำปาด เป็น อำเภอฟากท่า[2]
• วันที่ 28 ธันวาคม 2513 จัดตั้งนิคมสหกรณ์ ในท้องที่อำเภอฟากท่า[5]
• วันที่ 7 ธันวาคม 2519 ตั้งที่ทำการไปรษณีย์โทรเลขฟากท่า[6] จังหวัดอุตรดิตถ์
• วันที่ 5 กรกฎาคม 2520 แยกพื้นที่ตำบลม่วงเจ็ดต้น และตำบลบ้านโคก อำเภอฟากท่า ไปตั้งเป็น กิ่งอำเภอบ้านโคก[7] และให้ขึ้นการปกครองกับอำเภอฟากท่า
• วันที่ 12 ธันวาคม 2529 ตั้งตำบลนาขุม แยกออกจากตำบลบ้านโคก และตั้งตำบลบ่อเบี้ย แยกออกจากตำบลม่วงเจ็ดต้น[8]
• วันที่ 12 สิงหาคม 2530 ยกฐานะกิ่งอำเภอบ้านโคก อำเภอฟากท่า เป็น อำเภอบ้านโคก[9]
• วันที่ 15 กันยายน 2532 ตั้งตำบลสองห้อง แยกออกจากตำบลบ้านเสี้ยว[10]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะสุขาภิบาลฟากท่า เป็นเทศบาลตำบลฟากท่า[11] ด้วยผลของกฎหมาย