เมื่อ พ.ศ. 1896 พญาการเมือง เจ้าผู้ครองนครน่าน (องค์ที่ 5) ได้รับพระราชทานพระบรมสารีริกธาตุรวม 7 องค์ พร้อมด้วยพระพิมพ์ทองคำ 20 องค์ พระพิมพ์เงิน 20 องค์ จากพระเจ้าไสลือไท กษัตริย์แห่งกรุงสุโขทัย เถระชั้นผู้ใหญ่ พิจารณาเห็นว่า ดอยภูเพียงแช่แห้ง เป็นชัยภูมิดี จึงอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุ พร้อมด้วยพระพิมพ์ทอง พระพิมพ์เงิน ไปยังดอยภูเพียงแช่แห้ง ประจุลงในเต้าปูน ทองสำริด แล้วพอกด้วยสะตาย(ปูนขาวผสมยางไม้) แล้วขุดหลุมลึก 1 วา อาราธนาพระบรมสารีริกธาตุ ประจุไว้ในหลุมกลบดินแล้วก่อเจดีย์สูง 1 วา ทับไว้อีกชั้น ในกาลต่อมาจึงย้ายเมืองวรนคร (นครน่าน) จากท้องที่อำเภอปัว (ในปัจจุบัน) มาสร้างเมืองใหม่ขึ้นที่เชิงดอยภูเพียงแช่แห้ง ทรงขนานนามตามชื่อดอยว่า “เมืองภูเพียงแช่แห้ง” สืบมา

พญาการเมือง ปกครองเมืองใหม่นี้ได้เพียง 5 ปี ก็ถึงแก่พิราลัย พญาผากองผู้เป็นโอรส ได้ขึ้นครองเมืองสืบมาอีก 6 ปี เห็นว่าที่ตัวเมืองภูเพียงแช่แห้งเป็นที่กันดารน้ำในฤดูแล้ง ชัยภูมิริมฝั่งแม่น้ำน่านฝั่งตรงข้ามคือบริเวณห้วยไคร้ ห่างจากเดิมไปทางทิศตะวันตก ประมาณ 60 เส้น เป็นที่เหมาะสมกว่า ปี พ.ศ. 1911 พญาผากองจึงอพยพไพร่พล ประชาชน ข้ามลำน้ำน่าน มาตั้งเมือง คือที่ตั้งตัวเมืองน่าน หรือจังหวัดน่านในปัจจุบัน

กิ่งอำเภอภูเพียงจึงตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของจังหวัดน่าน โดยแยกออกจากอำเภอเมืองน่านตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 1 มิถุนายน 2540 มีผลตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม 2540 [1] และได้รับยกฐานะเป็นอำเภอตามพระราชกฤษฎีกา ประกาศในพระราชกิจจานุเบกษาฉบับกฤษฎีกา เล่ม 124 ตอนที่ 46 ก. ลงวันที่ 24 สิงหาคม 2550 โดยมีผลบังคับเมื่อพ้นสิบห้าวันนับแต่วันประกาศในราชกิจจานุเบกษา ซึ่งส่งผลมีฐานะเป็นอำเภอตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน 2550 เป็นต้นไป [2]