ช่วงปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เมืองอุบลราชธานีมีพระพรหมราชวงศา (ท้าวกุทอง) เป็นเจ้าผู้ครองเมือง ท่านมีบุตรหลายคนที่มีความสามารถเป็นเจ้าเมืองอุปฮาด (อุปราช) ประกอบกับในระยะนั้น บริเวณที่ตั้งอาณาเขตติดต่อกับจังหวัดศรีสะเกษในปัจจุบัน มีโจรผู้ร้ายชุกชุม ยากแก่การปกครองและปราบปราม ท่านจึงให้ท้าวปุตะคำพูน (คำพูน สุวรรณกูฎ) ซึ่งเป็นบุตรออกไปสำรวจพื้นที่เพื่อจัดตั้งเมืองใหม่ ท้าวคำพูนได้ออกสำรวจพื้นที่และได้พิจารณาเห็นว่า "บ้านเวินชัย" (ปัจจุบันเป็นบ้านเวินชัย หมู่ที่ 5 ตำบลผือฮี) มีทำเลเหมาะสม และมีลำชี (แม่น้ำชี) ไหลผ่านสะดวกแก่การคมนาคมทางเรือ จึงได้ทำรายงานให้พระพรหมวงศาขอจัดตั้งเมืองขึ้นที่บ้านเวินชัย โดยให้เป็นแขวงเมืองขึ้นต่อเมืองอุบลราชธานี

ต่อมาวันแรม 11 ค่ำ เดือน 12 ปีกุน เบญจศก จ.ศ. 1225 (ตรงกับ พ.ศ. 2406) พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้ง เมืองมหาชนะชัย ขึ้นที่บ้านเวินชัย และได้ทรงแต่งตั้งท้าวปุตะคำพูนเป็นเจ้าเมืองมหาชนะชัย และพระราชทานนามท้าวคำพูนว่า "พระเรืองไชยชำนะ" และแต่งตั้งท้าวโพธิราช (ผา) เป็นอุปฮาด ท้าววรกิตติกา (ไชย) เป็นราชวงศ์ และท้าวอุเทน (หอย) เป็นราชบุตร

พระเรืองไชยชำนะได้ปกครองเมืองที่บ้านเวินชัยประมาณเดือนเศษก็พบว่า บริเวณดังกล่าวมีสภาพภูมิประเทศคับแคบ ขยายตัวเมืองได้ยาก ประกอบกับเป็นคุ้งน้ำเซาะดินพังอยู่เสมอ ดังนั้นจึงได้ย้ายเมืองใหม่มาตั้งที่บ้านฟ้าหยาดในปัจจุบัน

พระเรืองไชยชำนะปกครองเมืองมหาชนะชัยจนถึงแก่กรรม พระสิทธิจางวางได้เป็นเจ้าเมืองสืบต่อมาอีก 15 ปี ก็ถึงแก่กรรมอีก ทางราชการจึงได้ยุบเมืองมหาชนะชัยเป็น อำเภอมหาชนะชัย ขึ้นตรงต่อเมืองอุบลราชธานี พร้อมกับแต่งตั้งท้าวสุริยนต์ บุตรพระสิทธิจางวาง เป็นนายอำเภอมหาชนะชัยคนแรก (สันนิษฐานว่าเป็นคนเดียวกับหลวงวัฒนวงศ์โทนุบล)

เนื่องจากอำเภอมหาชนะชัยตั้งอยู่บ้านฟ้าหยาด ตำบลฟ้าหยาด กระทรวงมหาดไทยจึงได้เปลี่ยนชื่ออำเภอมหาชนะชัยเป็น อำเภอฟ้าหยาด ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 24 เมษายน พ.ศ. 2460 จนกระทั่งถึงวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2482 กระทรวงมหาดไทยจึงได้เปลี่ยนชื่อจากอำเภอฟ้าหยาดเป็น "อำเภอมหาชนะชัย" อีกครั้งหนึ่ง

เมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2515 อำเภอมหาชนะชัยจึงได้ย้ายไปขึ้นกับจังหวัดยโสธรจนถึงปัจจุบัน และปี พ.ศ. 2518 กระทรวงมหาดไทยเห็นว่าท้องที่อำเภอมหาชนะชัย จังหวัดยโสธร มีพื้นที่กว้างขวางประกอบกับพลเมืองมีจำนวนมาก จึงได้แบ่งท้องที่ตำบลฟ้าห่วน ตำบลกุดน้ำใส และตำบลน้ำอ้อม ออกไปจัดตั้งอำเภอค้อวัง