ท้องที่อำเภอรัตนวาปีเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอโพนพิสัย ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอรัตนวาปี ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538 มีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน ปีเดียวกัน[1] และต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกาลงวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ยกฐานะขึ้นเป็น อำเภอรัตนวาปี โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[2] ส่วนนายอำเภอคนแรกของอำเภอคือ นายคณกร เครือวรรณ