• วัดพุทธ (วัดราษฎร์) จำนวน 48 วัด
• สำนักสงฆ์ จำนวน 35 แห่ง
• โบสถ์คริสต์ (นิกายโปรเตสแตนต์) จำนวน 1 แห่ง (อยู่ที่หมู่ที่ 5 ตำบลป่าไผ่)

อำเภอลี้ได้ชื่อว่าเป็น "เมืองแห่งนักบุญของล้านนา" มีวัดสำคัญหลายวัดที่มีตำนานแห่งนักบุญและมีประวัติความเป็นมาที่น่าสนใจ ดังนี้

• วัดบ้านปาง ตั้งอยู่หมู่ที่ 1 ตำบลศรีวิชัย เป็นวัดถิ่นกำเนิดของครูบาเจ้าศรีวิชัย[2]
• วัดพระพุทธบาทผาหนาม ตั้งอยู่หมู่ที่ 12 ตำบลป่าไผ่ เป็นวัดของลูกศิษย์ครูบาเจ้าศรีวิชัย คือ พระครูบาอภิชัย (ขาวปี)[3]
• วัดพระพุทธบาทห้วยต้ม ตั้งอยู่หมู่ที่ 8 ตำบลนาทราย เป็นวัดพระครูพัฒนกิจจานุรักษ์ หลวงปู่ครูบาวงศ์​
• วัดพระพุทธบาทถ้ำป่าไผ่ ตั้งอยู่หมู่ที่ 1 ตำบลป่าไผ่ เป็นวัดของลูกศิษย์พระราชพรหมยาน(หลวงพ่อฤๅษีลิงดำ)วัดท่าซุง สร้างโดยพระมหาสิงห์ วิสุทโธ มีรอยพระพุทธบาทและถ้ำอันกว้างใหญ่สวยงาม
• วัดพระพุทธบาทผาผึ้ง มีรอยพระพุทธบาท ตั้งอยู่ หมู่ที่ 1 ตำบลแม่ลาน
• วัดพระธาตุห้าดวง ตั้งอยู่บริเวณเมืองเก่า หมู่ที่ 15 ตำบลลี้
• วัดพระธาตุดวงเดียว ตั้งอยู่บริเวณเมืองเก่า หมู่ที่ 15 ตำบลลี้
• วัดพระธาตุแท่นคำ ตั้งอยู่บริเวณเมืองเก่า หมู่ที่ 4 ตำบลลี้
• วัดลี้หลวง ตั้งอยู่หมู่ที่ 6 ตำบลลี้ มีพระพุทธรูปทองสัมฤทธิ์เก่าแก่ สำคัญ 2 องค์
• อนุสาวรีย์ 3 ครูบาตั้งอยู่บริเวณตลาดสดเทศบาลตำบลวังดิน หมู่ที่ 4 ตำบลลี้
• อนุสาวรีย์ครูบาอภิชัยขาวปี ตั้งอยู่บริเวณบ้านแม่เทยพัฒนา หมู่ที่ 14 ตำบลแม่ตืน