วัฒนานคร เคยมีฐานะเป็นเมืองเมืองหนึ่ง ตั้งอยู่บริเวณชายแดนด้านตะวันออกของประเทศ มีอาณาเขตติดต่อกับประเทศกัมพูชา มีเจ้าเมืองปลัดเมือง ยกกระบัตรเมือง รับผิดชอบดูแลมาแต่ก่อน จนกระทั่งปี พ.ศ. 2435 (ร.ศ. 111) พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงโปรดเกล้าให้ทำการปฏิรูปการปกครองแผ่นดินครั้งใหญ่ โดยยกเลิกการปกครองแบบจตุสดมภ์ และจัดระเบียบบริหารราชการแผ่นดินใหม่ ตามเยี่ยงอย่างตะวันตก ตั้งกระทรวง ให้มีเสนาบดีรับผิดชอบอย่างเป็นสัดส่วน การจัดการปกครองหัวเมืองก็ได้โปรดเกล้าให้ตั้ง มณฑล จังหวัด อำเภอ ตำบล หมู่บ้านขึ้น ซึ่งเป็นรากฐานในการบริหารการปกครองแผ่นดินตราบเท่าทุกวันนี้ และคงทรงพิจารณาเห็นว่าเมืองวัฒนานคร ในขณะนั้นเป็นเมืองขนาดเล็กที่มีผู้คนอาศัยอยู่ไม่มากนัก จึงโปรดเกล้าให้ยุบเมืองวัฒนานครตั้งเป็นอำเภอวัฒนานคร เมื่อปี พ.ศ. 2437

ในขณะที่ยุบเมืองวัฒนานครลงมาเป็นอำเภอวัฒนานครนั้น เจ้าเมืองวัฒนานคร คนสุดท้ายมีบรรดาศักดิ์เป็นที่พระบริบูรณ์เสบียง ปลัดเมืองมีบรรดาศักดิ์เป็นหลวงลำเลียงนิกร และยกกระบัตรเมืองมีบรรดาศักดิ์เป็นที่หลวงกรโภชนา

ในปี พ.ศ. 2449 ได้มีการยุบอำเภออรัญประเทศลงเป็นกิ่งอำเภอ และให้ขึ้นการปกครองกับอำเภอวัฒนานคร แต่ต่อมาประชากรของอำเภอวัฒนานครลดลง จึงถูกลดฐานะจากอำเภอวัฒนานครเป็นกิ่งอำเภอ ขึ้นการปกครองกับอำเภออรัญประเทศ ในปี พ.ศ. 2456

• วันที่ 2 พฤศจิกายน 2456 ย้ายที่ว่าการอำเภอวัฒนา ไปตั้งที่กิ่งอำเภออรัญ และเปลี่ยนนามอำเภอว่า อำเภออรัญประเทศ และกิ่งอำเภออรัญ ให้ย้ายมาตั้งที่อำเภอวัฒนาเก่า และจัดตั้งเป็น กิ่งอำเภอวัฒนา ขึ้นการปกครองกับอำเภออรัญประเทศ[1]
• วันที่ 3 เมษายน 2494 โอนพื้นที่ตำบลหันทราย กิ่งอำเภอวัฒนานคร อำเภออรัญประเทศ ไปขึ้นกับ อำเภออรัญประเทศ[2]
• วันที่ 5 มิถุนายน 2499 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอวัฒนานคร อำเภออรัญประเทศ เป็น อำเภอวัฒนานคร[3]
• วันที่ 7 มกราคม 2500 จัดตั้งสุขาภิบาลวัฒนานคร ในท้องที่บางส่วนของตำบลวัฒนานคร[4]
• วันที่ 7 กันยายน 2514 ตั้งตำบลหนองแวง แยกออกจากตำบลโนนหมากเค็ง[5]
• วันที่ 1 ตุลาคม 2516 ตั้งตำบลท่าเกวียน แยกออกจากตำบลวัฒนานคร[6]
• วันที่ 25 กรกฎาคม 2521 ตั้งตำบลซับมะกรูด แยกออกจากตำบลท่าเกวียน[7]
• วันที่ 20 พฤศจิกายน 2522 ตั้งตำบลไทยอุดม แยกออกจากตำบลท่าเกวียน[8]
• วันที่ 19 สิงหาคม 2523 ตั้งตำบลไทรเดี่ยว แยกออกจากตำบลท่าเกวียน[9]
• วันที่ 29 มิถุนายน 2525 ตั้งตำบลคลองหาด แยกออกจากตำบลซับมะกรูด[10]
• วันที่ 4 ตุลาคม 2526 ตั้งตำบลแซร์ออ แยกออกจากตำบลช่องกุ่ม[11]
• วันที่ 29 มกราคม 2528 แยกพื้นที่ตำบลคลองหาด ตำบลไทยอุดม ตำบลซับมะกรูด และตำบลไทรเดี่ยว อำเภอวัฒนานคร มาตั้งเป็น กิ่งอำเภอคลองหาด ขึ้นกับอำเภอวัฒนานคร[12]
• วันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2529 จัดตั้งนิคมสหกรณ์ ในท้องที่อำเภอสระแก้ว อำเภอวังน้ำเย็น อำเภอวัฒนานคร และกิ่งอำเภอคลองหาด[13]
• วันที่ 31 กรกฎาคม 2530 ตั้งตำบลหนองหมากฝ้าย แยกออกจากตำบลหนองน้ำใส[14]
• วันที่ 21 ตุลาคม 2531 ตั้งตำบลหนองตะเคียนบอน แยกออกจากตำบลโนนหมากเค็ง ตั้งตำบลเบญจขร แยกออกจากตำบลซับมะกรูด ตั้งตำบลคลองไก่เถื่อน แยกออกจากตำบลไทยอุดม[15]
• วันที่ 21 พฤษภาคม 2533 ยกฐานะจากกิ่งอำเภอคลองหาด อำเภอวัฒนานคร เป็น อำเภอคลองหาด[16]
• วันที่ 22 ตุลาคม 2534 ตั้งตำบลห้วยโจด แยกออกจากตำบลวัฒนานคร ตำบลโนนหมากเค็ง และตำบลท่าเกวียน[17]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลวัฒนานคร เป็นเทศบาลตำบลวัฒนานคร