อำเภอวารินชำราบ เดิมเรียกว่า บ้านน้ำคำเอือกก่อนจอ ต่อมาได้รับโปรดเกล้าฯ ยกขึ้นเป็น เมืองวารินชำราบ ขึ้นกับเจ้านครจำปาศักดิ์ มีพระกำจรจัตุรงค์เป็นเจ้าเมือง ต่อมาเป็นส่วนหนึ่งของเขตการปกครองเมืองอุบลราชธานี ที่ว่าการอำเภอหลังแรกสร้างเมื่อปี พ.ศ. 2451 ใช้ชื่อว่า อำเภอทักษิณูปนิคม ผู้ดำรงตำแหน่งนายอำเภอคนแรกคือ ท้าวธรรมกิติกา (เป้ย สุวรรณกูฏ) ครั้นเมื่อปี พ.ศ. 2456 สมัยของขุนภูมิพิพัฒน์เขตร์ (แท่ง เหมะนัค) ซึ่งเป็นนายอำเภอคนที่ 2 ได้ย้ายที่ว่าการอำเภอจากฝั่งอำเภอเมืองอุบลราชธานี ข้ามแม่น้ำมูลมาตั้งอยู่ที่บ้านคำน้ำแซบ ตำบลธาตุ แล้วเปลี่ยนชื่ออำเภอเป็น อำเภอวารินชำราบ

ปี พ.ศ. 2423 รัชกาลที่ 5 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยกบ้านนากอนจอ ขึ้นเป็น เมืองวารินทร์ชำราบ แต่งตั้งให้ พระกำจรจตุรงค์ เจ้าเมือง ขึ้นกับเมืองนครจำปาศักดิ อยู่ต่อมาได้ 6 ปีเจ้าเมืองวารินทร์ชำราบไม่พอใจจะทำราชการกับเมืองนครจำปาศักดิ์ จึงขอมาสังกัดเมืองเขมราษฎร์ธานีพร้อมกับเมืองเสมี๊ยะ ในปี พ.ศ. 2440 กระทรวมหาดไทยได้ลดฐานะเมืองวารินทร์ชำราบลงเป็นอำเภอวารินทร์ชำราบ โดยมี ราชวงศ์บุญ รักษาราชการนายอำเภอ ครั้นถึงปี พ.ศ. 2454 สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ เสนาบดีกระทรวงมหาดไทย รับพระราชโองการยุบอำเภอวารินทร์ชำราบ โดยให้ไปรวมกับ อ.บูรพาอุบลและ อ.พิมูลมังษาหาร

อำเภอวารินชำราบ จ.อุบลราชธานี ในปี พ.ศ. 2451 สมเด็จพระบรมวงศ์เธอกรมหลวงสรรพสิทธิประสงค์ ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ แบ่งเมือง อุบลราชธานีตั้งเป็นเมืองอีก 4 อำเภอ คือ อ.บูรพูปลนิคม(อ.บูรพาอุบล) อ.อุตรูปลนิคม(อ.อุดรอุบล) อ.ปจิมูปลนิคม(อ.ปจิมอุบล) และ อ.ทักษิณูปลนิคม(อ.ทักษิณอุบล) โดยตั้งที่ว่าการอยู่บริเวณศาลาว่าการมณฑลอุบล

อำเภอทักษิณูปลนิคมหรืออำเภอทักษิณอุบล มีท้าวธรรมกิติกา(เป้ย สุวรรณกูฏ) ดำรงตำแหน่งนายอำเภอคนแรก ในสมัยขุนภูมิพัฒน์เขตร์(แท่ง เหมะนัค) นายอำเภอคนที่ 2 ได้ย้ายที่ว่าการอำเภอมาต้งที่บ้านคำน้ำแซบ ตำบลธาตุ ปี พ.ศ. 2456 อำเภอทักษิณอุบลได้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น อำเภอวารินทร์ชำราบ(โดยนำเอาชื่อเมืองวารินทร์ชำราบที่ถูกยุบไปมาตั้งแทนชื่อ อ.ทักษิณอุบล ในต่อๆมาชื่ออำเภอวารินทร์ชำราบ ได้เขียนเป็นอำเภอวารินชำราบ