เมืองวิเศษไชยชาญ นี้สันนิษฐานว่าตั้งขึ้นราว พ.ศ. 2122–2127 โดยในพระราชพงศาวดารได้กล่าวถึงชื่อเมืองนี้เป็นครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ. 2127 ในแผ่นดินสมเด็จพระมหาธรรมราชา ครั้งนั้นสมเด็จพระนเรศวรมหาราชและสมเด็จพระเอกาทศรถเสด็จยาตราทัพขึ้นไปประชุมพลที่ป่าโมก แขวงเมืองวิเศษไชยชาญ เพื่อรับศึกพระยาพะสิมที่เมืองสุพรรณบุรี และกล่าวถึงอีกตอนในสงครามคราวเดียวกัน เมื่อทัพกรุงศรีอยุธยาตีกองทัพพระยาพะสิมแตกพ่ายไปแล้ว ทั้งสองพระองค์เสด็จยกกองทัพไปตั้งอยู่ที่บ้านชะไว แขวงเมืองวิเศษไชยชาญ เพื่อสกัดทัพพระเจ้าเชียงใหม่ที่จะยกลงมาจากทางเหนือ

ที่ตั้งของเมืองวิเศษไชยชาญในสมัยนั้นอยู่ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำน้อย มีโคกใหญ่ที่ชาวบ้านเรียกว่า "บ้านจวน" ซึ่งเข้าใจว่าคงเป็นที่ตั้งของจวนผู้ว่าราชการเมือง อยู่ใกล้วัดขุมทอง ตำบลไผ่จำศีลในปัจจุบัน ต่อมาในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ แม่น้ำน้อยตื้นเขินเป็นตอน ๆ การเดินทางทางเรือไม่สะดวก ทางราชการจึงย้ายมืองวิเศษไชยชาญไปตั้งที่ตำบลบางแก้ว ริมแม่น้ำเจ้าพระยา (ที่ตั้งศาลากลางจังหวัดอ่างทองในปัจจุบัน) พร้อมเปลี่ยนชื่อเรียกว่า "เมืองอ่างทอง" ส่วนแขวงเมืองวิเศษไชยชาญถูกลดฐานะเป็นอำเภอ เรียกว่า อำเภอไผ่จำศีล ขึ้นอยู่ในความปกครองของเมืองอ่างทองตั้งแต่ปี พ.ศ. 2439 โดยตั้งที่ว่าการอำเภอทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำน้อย หมู่ที่ 3 ตำบลไผ่จำศีล

จนกระทั่งปี พ.ศ. 2451 รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้ามีพระบรมราชานุญาต ให้เปลี่ยนชื่ออำเภอไผ่จำศีล เป็น อำเภอวิเศษไชยชาญ และปรากฏหลักฐานเกี่ยวกับการให้ใช้ชื่อ "อำเภอวิเศษไชยชาญ" ในหนังสือราชกิจจานุเบกษา 2 ครั้ง[1],[2] และราชการก็ใช้ชื่อ อำเภอวิเศษไชยชาญ หลังจากนั้นเมื่อวันที่ 23 มิถุนายน 2510 ทางราชการได้กำหนดการเขียนชื่อจังหวัด อำเภอ และกิ่งอำเภอ เพื่อให้เขียนเป็นแบบเดียวกัน โดยได้เปลี่ยนการสะกดเป็น "อำเภอวิเศษชัยชาญ"[3][4] อย่างเป็นทางการ

เมื่อปี พ.ศ. 2522 กรมการปกครอง ได้มีคำสั่งย้ายที่ว่าการอำเภอวิเศษชัยชาญไปตั้งอยู่ริมถนนโพธิ์พระยา-ท่าเรือ หมู่ที่ 7 ตำบลศาลเจ้าโรงทอง ซึ่งเป็นที่ตั้งที่ว่าการอำเภอหลังปัจจุบัน

• วันที่ 18 ตุลาคม 2451 เปลี่ยนชื่ออำเภอไผ่จำศีล จังหวัดอ่างทอง เป็น อำเภอวิเศษไชยชาญ[1]
• วันที่ 9 สิงหาคม 2479 โอนพื้นที่ตำบลศาลาดิน และตำบลม่วงเตี้ย อำเภอโพธิ์ทอง มาขึ้นกับอำเภอวิเศษไชยชาญ[5]
• วันที่ 1 เมษายน 2480 เปลี่ยนแปลงเขตจังหวัดอ่างทอง และจังหวัดสุพรรณบุรี โดยโอนพื้นที่ตำบลดอนปรู อำเภอวิเศษไชยชาญ จังหวัดอ่างทอง ไปขึ้นกับอำเภอศรีประจันต์ จังหวัดสุพรรณบุรี[6]
• วันที่ 16 มกราคม 2481 ยุบตำบลไผ่ดำ อำเภอป่าโมก และโอนท้องที่ที่ยุบมาขึ้นกับตำบลบางจัก อำเภอวิเศษไชยชาญ[7]
• วันที่ 26 ธันวาคม 2481 เปลี่ยนแปลงเขตอำเภอป่าโมก และอำเภอวิเศษไชยชาญ โดยโอนพื้นที่ตำบลไผ่ดำ อำเภอป่าโมก มาขึ้นกับ อำเภอวิเศษไชยชาญ และเปลี่ยนแปลงเขตตำบลในท้องที่อำเภอวิเศษไชยชาญ (1,2,3,4,5,6,7,8)[8][9] จังหวัดอ่างทอง
  • (1) รวมตำบลโพธิ์เขียว เข้ากับตำบลศาลเจ้าโรงทอง และขนานนามว่า ตำบลศาลเจ้าโรงทอง
  • (2) รวมตำบลศาลาดิน เข้ากับตำบลม่วงเตี้ย และขนานนามว่า ตำบลม่วงเตี้ย
  • (3) รวมตำบลตลาดใหม่ เข้ากับตำบลห้วยคันแหลน และขนานนามว่า ตำบลห้วยคันแหลน
  • (4) โอนพื้นที่หมู่ 13 (ในขณะนั้น) ของตำบลสามโก้ ไปขึ้นกับตำบลยี่ล้น
  • (5) โอนพื้นที่หมู่ 6 (ในขณะนั้น) ของตำบลยี่ล้น ไปขึ้นกับตำบลอบทม
  • (6) โอนพื้นที่หมู่ 7 (ในขณะนั้น) ของตำบลอบทม ไปขึ้นกับตำบลสาวร้องไห้
  • (7) โอนพื้นที่หมู่ 8 (ในขณะนั้น) ของตำบลสาวร้องไห้ ไปขึ้นกับตำบลไผ่วง
  • (8) โอนพื้นที่หมู่ 8 (ในขณะนั้น) ของตำบลบางจัก ไปขึ้นกับตำบลหลักแก้ว
• วันที่ 17 กันยายน 2498 จัดตั้งสุขาภิบาลศาลเจ้าโรงทอง ในท้องที่บางส่วนของตำบลไผ่จำศีล และตำบลศาลเจ้าโรงทอง[10]
• วันที่ 2 ตุลาคม 2505 แยกพื้นที่ตำบลอบทม และตำบลสามโก้ อำเภอวิเศษไชยชาญ ไปตั้งเป็น กิ่งอำเภอสามโก้[11] ขึ้นกับอำเภอวิเศษไชยชาญ
• วันที่ 21 พฤษภาคม 2506 โอนพื้นที่หมู่ 1,2 (ในขณะนั้น) ของตำบลอบทม กิ่งอำเภอสามโก้ อำเภอวิเศษไชยชาญ ไปขึ้นกับตำบลยี่ล้น อำเภอวิเศษไชยชาญ[12]
• วันที่ 27 กรกฎาคม 2508 ยกฐานะกิ่งอำเภอสามโก้ อำเภอวิเศษไชยชาญ เป็น อำเภอสามโก้[13]
• วันที่ 30 พฤศจิกายน 2508 จัดตั้งสุขาภิบาลบางจัก ในท้องที่บางส่วนของตำบลสี่ร้อย ตำบลหัวตะพาน ตำบลคลองขนาก และตำบลบางจัก[14]
• วันที่ 17 ตุลาคม 2515 ตั้งตำบลไผ่ดำพัฒนา แยกออกจากตำบลหัวตะพาน และตำบลบางจัก[15]
• วันที่ 20 กรกฎาคม 2525 ตั้งตำบลตลาดใหม่ แยกออกจากตำบลห้วยคันแหลน[16]
• วันที่ 10 กรกฎาคม 2533 โอนพื้นที่หมู่ 2 บ้านท้ายลาด (ในขณะนั้น) ของตำบลไผ่ดำพัฒนา ไปตั้งเป็นหมู่ 7 ของตำบลหัวตะพาน และกำหนดเขตให้ตำบลไผ่ดำพัฒนามีการปกครอง 7 หมู่บ้าน ส่วนตำบลหัวตะพานกำหนดเขตให้มีการปกครอง 7 หมู่บ้าน[17]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะสุขาภิบาลศาลเจ้าโรงทอง และสุขาภิบาลบางจัก เป็นเทศบาลตำบลศาลเจ้าโรงทอง และเทศบาลตำบลบางจัก[18] ด้วยผลของกฎหมาย
• วันที่ 1 กรกฎาคม 2547 ยุบองค์การบริหารส่วนตำบลสี่ร้อย รวมกับองค์การบริหารส่วนตำบลท่าช้าง[19]
• วันที่ 17 ธันวาคม 2553 เปลี่ยนแปลงชื่อเทศบาลตำบลศาลเจ้าโรงทอง อำเภอวิเศษชัยชาญ เป็น เทศบาลตำบลวิเศษไชยชาญ[20]