จากหลักฐานศิลาจารึกที่ต้นพบ ณ วัดเชียงแสน ตำบลออนใต้ สันนิษฐานกันว่าชาวอำเภอสันกำแพงอพยพมาจากพันนาภูเลา แขวงเมืองเชียงแสน (ปัจจุบันอยู่ในจังหวัดเชียงราย) มาตั้งอยู่ริมน้ำแม่ออน โดยในสมัยพระเจ้าศิริลัทธัมมังกร มหาจักพรรดิราชธิราช ได้เสวยราชเป็นกษัตริย์ครองนครเชียงใหม่ ได้โปรดให้ราชมนตรีนายหนึ่งชื่อ เจ้าอภิชวฌาณบวรสิทธิ เป็นหมื่นดาบเรือนได้มีจิตศรัทธาชักชวนบรรดาทายกทายิกาทั้งหลายมาประชุมกันเพื่อสร้างวิหารพระเจดีย์และหอพระไตรปิฎก เมื่อสร้างเสร็จแล้วขนานนามวัดที่สร้างขึ้นว่า "สาลกิจญาณหันตาราม" วัดนี้ต่อมาชาวบ้านเรียกว่า "วัดเชียงแสน" นอกจากนั้น ชาวบ้านในหลายท้องถิ่นของอำเภอเป็นไทยองและไทลื้อ สำเนียงพูดของชาวบ้านในอำเภอเชียงแสน ต่อมาได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นอำเภอเรียกว่า "แขวงแม่ออน" อยู่ในการปกครองของนครเชียงใหม่ ถึง พ.ศ. 2445 ในรัชสมัยของเจ้าอินทวโรรสสุริยวงศ์ ครองนครเชียงใหม่ ได้เกิดกบฏเงี้ยวขึ้นที่อำเภอเมืองแพร่ ที่แขวงแม่ออนมีชาวเงี้ยว 11 คน มีอาวุธครบได้ทำการบุกปล้นโรงกลั่นสุราที่บ้านป่าไผ่ ตำบลแช่ช้าง แล้วทำการเผาที่ทำการแขวงแม่ออนเสียหายทั้งหลัง แล้วได้หนีไปทางอำเภอดอยสะเก็ด ต่อมาในปี พ.ศ. 2446 ทางราชการได้ย้ายที่ทำการแขวงแม่ออนมาปลูกสร้างที่บ้านสันกำแพง จึงได้ชื่อว่า "อำเภอสันกำแพง"[1] มาจนถึงทุกวันนี้ ในปี พ.ศ. 2537 กระทรวงมหาดไทยได้แบ่งพื้นที่บางส่วนของอำเภอสันกำแพงยกฐานะเป็น "กิ่งอำเภอแม่ออน"