ท้องที่อำเภอสามร้อยยอดเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอปราณบุรีและอำเภอกุยบุรี ในครั้งแรกทางราชการได้แบ่งพื้นที่ตำบลสามร้อยยอด ตำบลศิลาลอย และตำบลไร่เก่าจากอำเภอปราณบุรีออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอสามร้อยยอด ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยเมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538 มีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน ปีเดียวกัน[1]

ต่อมาในวันที่ 7 กันยายน พ.ศ. 2538 กระทรวงมหาดไทยได้ประกาศจัดตั้งตำบลศาลาลัยขึ้นโดยแบ่งพื้นที่ 6 หมู่บ้านจากตำบลไร่เก่า[2] และได้มีพระราชกฤษฎีกาโอนตำบลไร่ใหม่จากอำเภอกุยบุรีมาอยู่ในเขตการปกครองของทางกิ่งอำเภอตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2539[3]

ในที่สุดก็ได้มีพระราชกฤษฎีกายกฐานะขึ้นเป็น อำเภอสามร้อยยอด ในวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ซึ่งมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[4]