อำเภอหนองกี่ เดิมเป็นพื้นที่อยู่ในเขตการปกครอง อำเภอนางรอง กระทรวงมหาดไทย ประกาศตั้งเป็นกิ่งอำเภอหนองกี่ เมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2517 ขณะนั้นแบ่งเขตการปกครองออกเป็น 3 ตำบล ได้แก่ ตำบลหนองกี่ ตำบลเย้ยปราสาท ตำบลหนองไผ่ ต่อมาได้มีพระราชกฤษฎีกายกฐานะขึ้นเป็นอำเภอ เมื่อวันที่ 13 เมษายน 2522

ตำนานเล่ากันว่านางอรพิมพ์ สาวงามแห่งเมืองพิมายออกเดินทางมาหาคนรักชื่อปราจิต ซึ่งท้าวพรหมทัต เจ้าเมืองพิมายขี้เมากลั่นแกล้งสั่งให้ออกรบทัพจับศึกชายแดนเขมร โดยออกเดินทางมาเป็นเวลาแรมคืน พอถึงลำน้ำมูลนางอรพิมพ์ได้อาศัยเรือของสามเณร สามเณรพอใจหลงรักไม่ส่งขึ้นฝั่ง จึงลอยเรือต่อไปจนกระทั่งถึงต้นมะเดื่อริมน้ำ นางอรพิมพ์หิวกระหาย จึงพยายามขอร้องสามเณรเก็บให้กิน เมื่อสามเณรขึ้นต้นมะเดื่อนางอรพิมพ์ จึงหาหนามและมดแดงวางขวางปิดกั้นทางลง และรีบพายเรือหนี เมื่อขึ้นฝั่งมาถึงหนองน้ำใหญ่ได้เข้าไปขออาศัยอยู่กับชาวไร่ชาวป่าเพื่อพักพิง นางอรพิมพ์คิดว่าเดินทางคนเดียวคงไม่ปลอดภัย จึงได้ขอบริจาคผ้าขาวจากชาวไร่ ชาวป่า เพื่อมาทอเป็นผ้าขาวเตรียมตัวบวชริมหนองน้ำ ชื่อว่า " หนองกี่ " และเป็นชื่อบ้านหนองกี่ อำเภอหนองกี่ในปัจจุบัน ต่อมามีเรื่องเล่าขานกันว่า ที่หนองน้ำหนองกี่ จะมีปรากฏการณ์อภินิหารมีกี่ทอง (เสากี่ทอง) ลอยขึ้นมากลางหนองน้ำในวันเพ็ญหรือวันพระสำคัญๆ สักครู่หนึ่งและจมหายไป