เดิมอำเภอหนองกุงศรีเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอท่าคันโท โดยเมื่อ ๑๑ กันยายน ๒๕๑๖ มีประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง แบ่งท้องที่อำเภอท่าคันโท จังหวัดกาฬสินธุ์ ตั้งเป็นกิ่งอำเภอหนองกุงศรี มีเขตการปกครองรวม ๒ ตำบล คือตำบลหนองกุงศรี และ ตำบลโคกเครือ ตั้งที่ว่าการกิ่งอำเภอที่ตำบลสหัสขันธ์ ให้อยู่ในเขตการปกครอง อำเภอท่าคันโท จังหวัดกาฬสินธุ์ [1]เมื่อ ๒๕ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๒๒ มีพระราชกฤษฎีกา ตั้งอำเภอหนองกุงศรี พ.ศ. ๒๕๒๒ ทำให้กิ่งอำเภอหนองกุงศรียกฐานะเป็นอำเภอหนองกุงศรี [2]