ที่มาของชื่ออำเภอองครักษ์มีตำนานว่า เมื่อครั้งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เสด็จประพาสต้นแถบนี้ และได้พักประทับแรม ณ บริเวณริมแม่น้ำนครนายกซึ่งเป็นที่ตั้งของศาลเจ้าพ่อองครักษ์ในปัจจุบัน ระหว่างประทับแรมอยู่นั้นนายทหารราชองครักษ์ได้ป่วยและเสียชีวิตลง จึงโปรดฯ ให้ตั้งศาลขึ้นเพื่อเป็นอนุสรณ์ อำเภอแห่งนี้จึงได้รับการเรียนขานว่า อำเภอองครักษ์

เมื่อประมาณปี พ.ศ. 2432 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวได้พระราชทานพระบรมราชานุญาตพิเศษให้แก่บริษัทขุดคลองแลคูนาสยามซึ่งมีหม่อมราชวงศ์สุวพันธุ์ สนิทวงศ์ เป็นผู้รับมอบ ให้จัดการขุดคลองซอยตัดท้องทุ่งระหว่างแม่น้ำเจ้าพระยากับแม่น้ำนครนายก โดยให้สิทธิ์แก่บริษัทฯ ในการขายที่ดินทั้งสองฝั่งคลองเพื่อจัดเป็นที่นาได้ บริษัทฯ ได้ขุดคลองสายกลางขึ้นสายหนึ่งจากแม่น้ำเจ้าพระยาไปทะลุแม่น้ำนครนายกพร้อมตัดคลองซอยจากทั้งสองฝั่งคลองสายกลางนี้ โดยได้รับพระราชทานนามว่า "คลองรังสิตประยูรศักดิ์" ประตูน้ำปิด-เปิดด้านแม่น้ำเจ้าพระยาได้พระราชทานนามว่า "ประตูน้ำจุฬาลงกรณ์" ส่วนประตูน้ำทางด้านแม่น้ำนครนายกนั้นพระราชทานนามว่า "ประตูน้ำเสาวภาผ่องศรี"

• วันที่ 3 มีนาคม 2449 ยุบรวมตำบล และเปลี่ยนชื่อตำบลใหม่ โดยยุบรวมตำบลคลองสิบสี่ และตำบลคลองสิบห้า และเรียกชื่อว่า ตำบลบึงศาล และเปลี่ยนชื่อตำบลคลองหกวา เป็นตำบลพระอาจารย์[1]
• วันที่ 7 มกราคม 2500 จัดตั้งสุขาภิบาลองครักษ์ ในท้องที่บางส่วนของตำบลองครักษ์ และตำบลทรายมูล[2]
• วันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2504 เปลี่ยนแปลงเขตตำบลในท้องที่อำเภอองครักษ์ โดย ตำบลองครักษ์ รับพื้นที่บางส่วนของหมู่ที่ 4,5 ของตำบลทรายมูล มารวมกับหมู่ที่ 1,2,8 ตำบลองครักษ์ รับพื้นที่บางส่วนของหมู่ที่ 1 ของตำบลบางปลากด มารวมกับหมู่ที่ 4 ตำบลองครักษ์ รับพื้นที่บางส่วนของหมู่ที่ 5 ของตำบลศีรษะกระบือ มารวมกับหมู่ที่ 9 ตำบลองค์รักษ์ ตำบลศีรษะกระบือ รับพื้นที่หมู่ที่ 4,5,7,8 ของตำบลพระอาจารย์ มาตั้งเป็นหมู่ที่ 1,2,3,5 ตำบลศีรษะกระบือ รับพื้นที่บางส่วนของหมู่ที่ 8 ของตำบลองครักษ์ และบางส่วนของหมู่ที่ 5 ของตำบลศีรษะกระบือ มารวมกับหมู่ที่ 7 ตำบลศีรษะกระบือ รับพื้นที่บางส่วนของหมู่ที่ 2 ของตำบลองครักษ์ มารวมกับหมู่ที่ 10 ตำบลศีรษะกระบือ ตำบลพระอาจารย์ รับพื้นที่หมู่ที่ 1,2,3,6,7,10,11 ของตำบลศีรษะกระบือ มาตั้งเป็นหมู่ที่ 3,4,5,7,10,11 ตำบลพระอาจารย์[3]
• วันที่ 2 เมษายน 2511 ตั้งตำบลโพธิ์แทน แยกออกจากตำบลบางปลากด[4]
• วันที่ 17 มิถุนายน 2512 ตั้งตำบลบางสมบูรณ์ แยกออกจากตำบลบางลูกเสือ[5]
• วันที่ 11 กันยายน 2527 ตั้งตำบลชุมพล แยกออกจากตำบลบึงศาล[6]
• วันที่ 4 ตุลาคม 2533 ตั้งตำบลคลองใหญ่ แยกออกจากตำบลองครักษ์[7]
• วันที่ 25 พฤษภาคม 2542 ยกฐานะจากสุขาภิบาลองครักษ์ เป็นเทศบาลตำบลองครักษ์
• วันที่ 1 มิถุนายน 2549 กำหนดเขตตำบลในท้องที่อำเภอองครักษ์ โดย ตำบลบางสมบูรณ์ ให้มีเขตการปกครองรวม 13 หมู่บ้าน ตำบลชุมพล ให้มีเขตการปกครองรวม 8 หมู่บ้าน ตำบลคลองใหญ่ ให้มีเขตการปกครองรวม 10 หมู่บ้าน ตำบลทรายมูล ให้มีเขตการปกครองรวม 11 หมู่บ้าน ตำบลองครักษ์ ให้มีเขตการปกครองรวม 7 หมู่บ้าน ตำบลบึงศาล ให้มีเขตการปกครองรวม 9 หมู่บ้าน ตำบลศีรษะกระบือ ให้มีเขตการปกครองรวม 13 หมู่บ้าน ตำบลโพธิ์แทน ให้มีเขตการปกครองรวม 9 หมู่บ้าน ตำบลบางปลากด ให้มีเขตการปกครองรวม 11 หมู่บ้าน ตำบลบางลูกเสือ ให้มีเขตการปกครองรวม 12 หมู่บ้าน และตำบลพระอาจารย์ ให้มีเขตการปกครองรวม 13 หมู่บ้าน[8]