อมก๋อย มาจากคำว่า อำกอย เป็นภาษาลัวะ (ละว้า) แปลว่า ขุนน้ำหรือต้นน้ำ สันนิษฐานว่า หมายถึง ต้นน้ำแม่ตื่นที่ไหลผ่านชุมชนเมืองโบราณจากตำนานเมืองตื๋นนันทบุรีได้จารึกไว้ ว่าพระยาช้างเผือกและพระยาเลิก สองพี่น้องได้พาราษฎรที่อพยพมาจากเมืองเชียงใหม่มาทำการสร้างเมืองตั๋นบุรี ในปี พ.ศ. 1985 (ปัจจุบันตั้งอยู่ที่ตำบลแม่ตื่น) มีอาณาเขตถึงบ้านฟ้อนฟ้า นาหง สะหรง แม่ระมาด หินลวด นาไฮ หนอแสง ดินแดง บ้านป๊อก บ้านหมาก ผาสาด และวังคำต่อมมาพระอทิตตราได้สร้างพระบรมธาตุเจดีย์วัดจอมแจ้งขึ้น ที่ดอยนางนอนในปี พ.ศ. 2148 และพระยาอนันตราช เจ้าเมืองตั๋นได้บรรจุพระบรมธาตุเจดีย์ในปี พ.ศ. 2299 และได้มีประเพณีไหว้พระธาตุในเดือน 9 เหนือ ขึ้น 15 ค่ำ ที่สืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน

สำหรับที่ตั้งอำเภออมก๋อยในปัจจุบัน เดิมเป็นหมู่บ้านของชาวลัวะ มีขุนแสนทองเป็นหัวหน้าหมู่บ้าน ต่อมาได้มีคนเมืองอพยพเข้ามาแทนที่ และชาวลัวะได้ย้ายออกไปอยู่ในท้องที่อื่น ส่วนทางราชการได้ทำการจัดตั้งเป็นตำบลอยู่ในเขตปกครองของอำเภอฮอดได้ทำการยกฐานะขึ้นเป็นกิ่งอำเภออมก๋อยในปี พ.ศ. 2463[1] และได้ยกฐานะเป็นอำเภออมก๋อยเมื่อวันที่ 23 กรกฎาคม พ.ศ. 2501[2]